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- PDB-6gyv: Lariat-capping ribozyme (circular permutation form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gyv
タイトルLariat-capping ribozyme (circular permutation form)
要素Lariat-capping ribozyme
キーワードRNA / Lariat capping ribozyme
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Didymium iridis (ゴマシオカタホコリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.50003617357 Å
データ登録者Masquida, B. / Meyer, M. / Nielsen, H. / Olieric, V. / Roblin, P. / Johansen, S.D. / Westhof, E.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2014
タイトル: Speciation of a group I intron into a lariat capping ribozyme.
著者: Meyer, M. / Nielsen, H. / Olieric, V. / Roblin, P. / Johansen, S.D. / Westhof, E. / Masquida, B.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年8月22日ID: 4P95
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / exptl ...database_2 / exptl / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lariat-capping ribozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1595
ポリマ－61,8921
非ポリマー2674
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area28990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.630, 85.710, 108.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: RNA鎖 Lariat-capping ribozyme


分子量: 61891.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Didymium iridis (ゴマシオカタホコリ)
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v PEG 3,350 or (ii) 0.2 Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.6 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.83 Å / Num. obs: 34663 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 46.1964978861 Å2 / Net I/σ(I): 3.16
反射 シェル解像度: 2.50003617357→2.589 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11rc1_2513精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4p9r

4p9r


解像度: 2.50003617357→47.8244954657 Å / SU ML: 0.399076274601 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.59236930785 / 位相誤差: 26.2237571904
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244903584028 1968 5.67752358423 %
Rwork0.198171132345 --
obs0.200698514255 34663 96.5032434088 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.2999933522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.50003617357→47.8244954657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4054 26 88 4168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001643619384294605
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5205962969057182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0228738097266959
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00243759276119192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5821353442309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56260.3508063936621280.3110990500982289X-RAY DIFFRACTION94.4140625
2.5626-2.63180.3676492100041450.3076389981132277X-RAY DIFFRACTION94.7574334898
2.6318-2.70930.3421294173381730.2987875282952277X-RAY DIFFRACTION95.0349107836
2.7093-2.79670.4316770838671500.2904541083392292X-RAY DIFFRACTION95.5772994129
2.7967-2.89670.31301945781470.3005242498422315X-RAY DIFFRACTION95.6859696852
2.8967-3.01260.3630460073421410.2800973421372315X-RAY DIFFRACTION95.6386292835
3.0126-3.14970.2933705849161100.2236753180322355X-RAY DIFFRACTION96.4397496088
3.1497-3.31570.2841598265511260.2011393483052355X-RAY DIFFRACTION96.5369649805
3.3157-3.52340.2382389089961580.1957393647072337X-RAY DIFFRACTION96.9308469308
3.5234-3.79530.2018598445621630.1709776514142308X-RAY DIFFRACTION97.2451790634
3.7953-4.17710.2018881582281160.1557621955732399X-RAY DIFFRACTION97.3297213622
4.1771-4.7810.1854476715431420.1565553643042381X-RAY DIFFRACTION98.2476635514
4.781-6.02170.190500640581340.1548995462692401X-RAY DIFFRACTION98.4083850932
6.0217-47.83320.1923550367891350.1715782018252394X-RAY DIFFRACTION98.8276670574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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