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- PDB-6gyh: Crystal structure of the light-driven proton pump Coccomyxa subel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gyh
タイトルCrystal structure of the light-driven proton pump Coccomyxa subellipsoidea Rhodopsin CsR
要素Family A G protein-coupled receptor-like protein
キーワードPROTON TRANSPORT / RETINAL / MICROBIAL-TYPE RHODOPSIN / LIGHT-DRIVEN PROTON PUMP / SEVEN TRANS-MEMBRANE / TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Family A G protein-coupled receptor-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Szczepek, M. / Schmidt, A. / Scheerer, P.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1078 ドイツ
German Research FoundationUNICAT ドイツ
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2019
タイトル: Design of a light-gated proton channel based on the crystal structure ofCoccomyxarhodopsin.
著者: Fudim, R. / Szczepek, M. / Vierock, J. / Vogt, A. / Schmidt, A. / Kleinau, G. / Fischer, P. / Bartl, F. / Scheerer, P. / Hegemann, P.
履歴
登録2018年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Family A G protein-coupled receptor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8307
ポリマ－25,7331
非ポリマー2,0976
水75742
1
A: Family A G protein-coupled receptor-like protein
ヘテロ分子

A: Family A G protein-coupled receptor-like protein
ヘテロ分子

A: Family A G protein-coupled receptor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,49121
ポリマ－77,1993
非ポリマー6,29218
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.078, 78.078, 143.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Family A G protein-coupled receptor-like protein


分子量: 25733.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)
遺伝子: COCSUDRAFT_42526
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: I0YUS5
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物
ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1-(9Z-octadecenoyl)-rac-glycerol, 10 % cholesterol, 42 % v/v polyethylene glycol 400; 100 mM MES; pH 6.5, 150 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.91 Å / Num. obs: 22100 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.357 / Rpim(I) all: 0.901 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AM6

3am6


解像度: 2→32.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 11.792 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22493 1155 5.2 %RANDOM
Rwork0.19231 ---
obs0.19398 20932 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.432 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20.29 Å2-0 Å2
2--0.59 Å2-0 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→32.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 118 42 1866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021889
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.021863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9731.9912566
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2972.9554249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1595228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.121.14861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95515240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.223157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1930.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02473
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.213.105903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1813.101902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7644.6451128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7644.6491129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0113.393985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9823.393985
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2844.9891436
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.98326.2742216
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.96926.2692216
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.29133746
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free42.288516
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.34153720
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 82 -
Rwork0.371 1533 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.365 Å / Origin y: -34.4103 Å / Origin z: -0.7783 Å
111213212223313233
T0.1327 Å20.033 Å20.0026 Å2-0.1692 Å2-0.0011 Å2--0.0125 Å2
L0.4647 °20.2627 °2-0.6245 °2-0.6557 °2-0.1821 °2--1.6269 °2
S0.0527 Å °-0.0135 Å °0.0438 Å °-0.0136 Å °-0.0101 Å °0.0895 Å °-0.1889 Å °-0.0322 Å °-0.0427 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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