PDB-6gyg: X-ray structure of the apo form of the establishement gene regula...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gyg

タイトル

X-ray structure of the apo form of the establishement gene regulator Reg576 of the G+ plasmid p576

要素

Transcription regulator Reg576

キーワード

TRANSCRIPTION / Plasmid establishment DNA bindig protein Gene repressor Gram-positive bacteria Bacterial conjugation

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Bacillus altitudinis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Crespo, I. / Meijer, W.J.J. / Boer, D.R.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Novel regulatory mechanism of establishment genes of conjugative plasmids.
著者: Val-Calvo, J. / Luque-Ortega, J.R. / Crespo, I. / Miguel-Arribas, A. / Abia, D. / Sanchez-Hevia, D.L. / Serrano, E. / Gago-Cordoba, C. / Ares, S. / Alfonso, C. / Rojo, F. / Wu, L.J. / Boer, D.R. / Meijer, W.J.J.

履歴

登録	2018年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年7月10日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.4	2019年10月16日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.5	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gyg.cif.gz	67.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gyg.ent.gz	50.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gyg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1zdn-2 6lcy-d 4f8a-d 5u28-d 3o4q-d 1czb-d 2je0-6 6w9o-d 4o70-1 2je1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcription regulator Reg576

B: Transcription regulator Reg576

17.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.278, 44.278, 141.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Transcription regulator Reg576 分子量: 8742.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: plasmid p576 由来: (組換発現) Bacillus altitudinis (バクテリア) 遺伝子: ABW03_19300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J1KER7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.84 % / 解説: Needles
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein was concentrated to 25 mg/mL in [20 mM Tris (pH8.0), 250 mM NaCl]. Crystals of Reg576 were obtained in 130 mM potassium bromide, 25% PEG 2000 monomethylether by the sitting-drop vapor- ...詳細: Protein was concentrated to 25 mg/mL in [20 mM Tris (pH8.0), 250 mM NaCl]. Crystals of Reg576 were obtained in 130 mM potassium bromide, 25% PEG 2000 monomethylether by the sitting-drop vapor-diffusion method at 18 deg. C, in drops of 1 uL + 1 uL (protein:reservoir). Needle-shaped crystals appeared in less t han a week. Cryo-cooling in liquid nitrogen was carried out using a cryo-protecting solution containing reservoir solution supplemented with 5% glycerol

結晶

マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.84 % / 解説: Needles

結晶化

温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein was concentrated to 25 mg/mL in [20 mM Tris (pH8.0), 250 mM NaCl]. Crystals of Reg576 were obtained in 130 mM potassium bromide, 25% PEG 2000 monomethylether by the sitting-drop vapor- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford cryostream 600 series
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日 / 詳細: KB mirrors
放射	モノクロメーター: Channel cut Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.979→42.25 Å / Num. obs: 8828 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 47.89 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.979→2.013 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 1.959 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 55 / CC_1/2: 0.502 / % possible all: 41.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
XDS		データ削減
autoPROC	snapshot_20170508	データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: fragments

解像度: 1.98→42.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 11.884 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25596	453	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20708	-	-	-
obs	0.20981	8373	84.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.32 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.98→42.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1050	0	0	33	1083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.014	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.666	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.058	1.639	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.741	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.454	23.71	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.6	15	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.215	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.025	3.984	478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.028	3.972	477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.266	5.933	594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.263	5.947	595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.42	4.769	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.404	4.75	585
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.022	6.856	824
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.627	45.094	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.612	45.09	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.979→2.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	3	-
R_work	0.331	108	-
obs	-	-	14.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.838	0.6247	-1.7969	0.464	-0.6002	0.9	0.0329	0.2025	0.3325	0.0975	0.0065	-0.0224	-0.1442	-0.0214	-0.0394	0.0871	-0.02	0.0145	0.0136	-0.0175	0.1189	0.4921	31.7324	2.1545
2	0.8094	-1.037	-0.7236	2.8726	2.1799	1.6776	0.0034	-0.3501	0.1617	0.0138	0.175	-0.1216	0.0023	0.1893	-0.1784	0.0785	-0.0984	0.0425	0.2855	-0.1389	0.1104	-2.1789	23.9337	13.3807
3	2.1906	1.7498	1.2838	3.8773	3.3389	2.9164	-0.1821	-0.2362	0.0707	0.0825	0.1007	0.1254	0.1105	0.1365	0.0814	0.0696	0.0072	0.0082	0.1094	-0.0317	0.0884	-4.0666	13.9021	2.3969
4	7.0941	3.9316	0.0855	2.2805	0.1829	1.6893	0.0785	0.1575	-0.1672	0.0866	-0.0009	-0.1153	0.2859	0.1245	-0.0776	0.0799	0.0055	0.0297	0.1105	0.0118	0.0919	5.0715	10.9732	-8.0262
5	7.4686	-5.3362	2.2991	9.2793	-1.0981	1.3879	-0.3394	0.1354	0.115	0.6507	0.0191	0.2292	-0.0348	0.1	0.3203	0.0478	-0.0005	0.0328	0.0558	0.0006	0.1369	2.1822	33.0912	4.488
6	2.5605	1.2274	2.7017	1.5151	1.0729	6.0786	0.0002	0.0173	0.0156	-0.2537	0.0583	-0.1834	-0.2516	-0.0151	-0.0585	0.11	-0.0013	0.0401	0.0394	-0.0202	0.1052	3.8457	18.8912	-3.0303
7	3.6864	2.6837	-3.175	3.5865	-2.0659	3.0584	-0.1555	0.1749	0.0891	-0.2124	0.1174	-0.0438	0.1515	-0.2882	0.0381	0.067	-0.0209	0.0139	0.0831	-0.0379	0.1008	-7.4449	21.9177	0.9665
8	0.841	0.4298	-1.1651	8.0716	0.4506	3.0333	0.1016	0.076	0.1003	0.1013	0.098	0.1424	-0.1964	-0.2271	-0.1996	0.0431	0.0036	0.0206	0.065	-0.0258	0.0648	-13.3931	27.2311	16.4155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	34 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 12
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	13 - 27
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	28 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	47 - 66

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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