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万見
- PDB-6gx6: Crystal structure of IMP3 RRM12 in complex with RNA (ACAC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gx6
タイトルCrystal structure of IMP3 RRM12 in complex with RNA (ACAC)
要素
  • Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
  • RNA (5'-R(*AP*CP*AP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA recognition motif (RRM) / IMP3 / IGF2BP3 / Crystal structure.
機能・相同性
機能・相同性情報


Insulin-like Growth Factor-2 mRNA Binding Proteins (IGF2BPs/IMPs/VICKZs) bind RNA / CRD-mediated mRNA stabilization / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / mRNA transport / anatomical structure morphogenesis / translation regulator activity / regulation of cytokine production / mRNA 3'-UTR binding / P-body / mRNA 5'-UTR binding ...Insulin-like Growth Factor-2 mRNA Binding Proteins (IGF2BPs/IMPs/VICKZs) bind RNA / CRD-mediated mRNA stabilization / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / mRNA transport / anatomical structure morphogenesis / translation regulator activity / regulation of cytokine production / mRNA 3'-UTR binding / P-body / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / nervous system development / regulation of gene expression / negative regulation of translation / translation / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / K Homology domain ...KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA / Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jia, M. / Gut, H. / Chao, A.J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_156477 スイス
引用ジャーナル: RNA / 年: 2018
タイトル: Structural basis of IMP3 RRM12 recognition of RNA.
著者: Jia, M. / Gut, H. / Chao, J.A.
履歴
登録2018年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
B: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6177
ポリマ－20,2732
非ポリマー3435
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, IMP3 RRM12 (0.9mM) titrate ACAC (70?M)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.440, 75.440, 66.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3 / IMP-3 / IGF-II mRNA-binding protein 3 / KH domain-containing protein overexpressed in cancer / hKOC ...IMP-3 / IGF-II mRNA-binding protein 3 / KH domain-containing protein overexpressed in cancer / hKOC / VICKZ family member 3


分子量: 19049.539 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM12 domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal left residues (GGS) due to TEV cleavage and C-terminal His6 tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF2BP3, IMP3, KOC1, VICKZ3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rossetta2 / 参照: UniProt: O00425
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*AP*C)-3')


分子量: 1223.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Post Synthesis: 2'-Deprotect / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M KH2PO4, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→66.26 Å / Num. obs: 15116 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 1.165 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2153 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMCCP4 7.0.050データ削減
SCALACCP4 7.0.050データスケーリング
PHASERCCP4 7.0.050位相決定
Coot0.8.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FQ1

6fq1


解像度: 2→46.52 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 775 5.13 %
Rwork0.1805 --
obs0.1834 15093 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1250 81 21 106 1458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0171899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.971534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.12540.29511290.25682344X-RAY DIFFRACTION100
2.1254-2.28950.26691280.21372364X-RAY DIFFRACTION100
2.2895-2.51990.27081290.20172340X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.88460.30991260.19552386X-RAY DIFFRACTION100
2.8846-3.63420.2261240.17752394X-RAY DIFFRACTION100
3.6342-65.36780.20131390.15932490X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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