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- PDB-6gwk: The crystal structure of Hfq from Caulobacter crescentus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gwk
タイトルThe crystal structure of Hfq from Caulobacter crescentus
要素RNA-binding protein Hfq
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Hfq / Caulobacter / sRNA / RNA-protein interactions / natively unstructured protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides CB15 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Santiago-Frangos, A. / Frohlich, K.S. / Jeliazkov, J.R. / Gray, J.R. / Luisi, B.F. / Woodson, S.A. / Hardwick, S.W.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust200873/Z/16/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)R01 GM120425 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Caulobacter crescentusHfq structure reveals a conserved mechanism of RNA annealing regulation.
著者: Santiago-Frangos, A. / Frohlich, K.S. / Jeliazkov, J.R. / Malecka, E.M. / Marino, G. / Gray, J.J. / Luisi, B.F. / Woodson, S.A. / Hardwick, S.W.
履歴
登録2018年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月30日Group: Advisory / Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein Hfq
B: RNA-binding protein Hfq
C: RNA-binding protein Hfq
D: RNA-binding protein Hfq
E: RNA-binding protein Hfq
F: RNA-binding protein Hfq
G: RNA-binding protein Hfq
H: RNA-binding protein Hfq
I: RNA-binding protein Hfq
J: RNA-binding protein Hfq
K: RNA-binding protein Hfq
L: RNA-binding protein Hfq
M: RNA-binding protein Hfq
N: RNA-binding protein Hfq
O: RNA-binding protein Hfq
P: RNA-binding protein Hfq
Q: RNA-binding protein Hfq
R: RNA-binding protein Hfq
S: RNA-binding protein Hfq
T: RNA-binding protein Hfq
U: RNA-binding protein Hfq
V: RNA-binding protein Hfq
W: RNA-binding protein Hfq
X: RNA-binding protein Hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,03824
ポリマ－222,03824
非ポリマー00
水1,982110
1
A: RNA-binding protein Hfq
B: RNA-binding protein Hfq
C: RNA-binding protein Hfq
D: RNA-binding protein Hfq
E: RNA-binding protein Hfq
F: RNA-binding protein Hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5096
ポリマ－55,5096
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10740 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
2
G: RNA-binding protein Hfq
H: RNA-binding protein Hfq
I: RNA-binding protein Hfq
J: RNA-binding protein Hfq
K: RNA-binding protein Hfq
L: RNA-binding protein Hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5096
ポリマ－55,5096
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10390 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
3
M: RNA-binding protein Hfq
N: RNA-binding protein Hfq
O: RNA-binding protein Hfq
P: RNA-binding protein Hfq
Q: RNA-binding protein Hfq
R: RNA-binding protein Hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5096
ポリマ－55,5096
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10870 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
4
S: RNA-binding protein Hfq
T: RNA-binding protein Hfq
U: RNA-binding protein Hfq
V: RNA-binding protein Hfq
W: RNA-binding protein Hfq
X: RNA-binding protein Hfq


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5096
ポリマ－55,5096
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.322, 97.322, 203.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 ...
RNA-binding protein Hfq


分子量: 9251.575 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides CB15 / 遺伝子: hfq, CC_1745 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A7H8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium thiocyanate, 17 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→87.81 Å / Num. obs: 100169 / % possible obs: 97.42 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.75 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1228 / Rpim(I) all: 0.0923 / Rrim(I) all: 0.1548 / Net I/σ(I): 9.44
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6281 / Mean I/σ(I) obs: 0.46 / Num. unique obs: 10091 / CC1/2: 0.618 / Rpim(I) all: 0.5247 / Rrim(I) all: 0.823 / % possible all: 99.06

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ収集
PHENIXdev_3112精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PNO

4pno


解像度: 2.15→87.81 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 42.2779
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3051 4990 4.98 %
Rwork0.2783 --
obs0.2797 100169 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→87.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12737 0 0 110 12847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002813073
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.519917832
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04292153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.66959030
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.190.44852520.43874775X-RAY DIFFRACTION94.52
2.19-2.230.40012760.37844780X-RAY DIFFRACTION93.25
2.23-2.270.44042560.38114772X-RAY DIFFRACTION93.33
2.27-2.320.33482320.35844765X-RAY DIFFRACTION92.98
2.32-2.370.32742550.34754793X-RAY DIFFRACTION93.47
2.37-2.420.40162180.35914861X-RAY DIFFRACTION95.59
2.42-2.480.34692340.35054843X-RAY DIFFRACTION94.96
2.48-2.550.33152610.34114776X-RAY DIFFRACTION93.63
2.55-2.620.31272460.33154867X-RAY DIFFRACTION94.91
2.62-2.710.36762210.34654862X-RAY DIFFRACTION95
2.71-2.810.34012740.34794695X-RAY DIFFRACTION92.09
2.81-2.920.37742550.32914603X-RAY DIFFRACTION90.52
2.92-3.050.36052440.29584884X-RAY DIFFRACTION94.36
3.05-3.210.31432590.28774783X-RAY DIFFRACTION94.02
3.21-3.410.3112340.27194790X-RAY DIFFRACTION93.9
3.41-3.670.27712320.24644746X-RAY DIFFRACTION93
3.67-4.040.28032550.24854641X-RAY DIFFRACTION89.68
4.04-4.630.24272600.20024740X-RAY DIFFRACTION92.27
4.63-5.820.2532640.2114576X-RAY DIFFRACTION89.34
5.82-29.270.26062620.24054575X-RAY DIFFRACTION88.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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