PDB-6gw4: GII.19 human norovirus protruding domain in complex with glycoche...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gw4

タイトル

GII.19 human norovirus protruding domain in complex with glycochenodeoxycholate (GCDCA)

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GII.19 / P domain / GCDCA / HBGA

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component => GO:0044423 / host cell cytoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk-like virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.295 Å

データ登録者

Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Human Norovirus Capsid Binding to Bile Acids.
著者: Kilic, T. / Koromyslova, A. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2018年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gw4.cif.gz	134.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gw4.ent.gz	103.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gw4_validation.pdf.gz	675.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gw4_full_validation.pdf.gz	676 KB	表示
XML形式データ	6gw4_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	6gw4_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gvzC 6gw0C 6gw1C 6gw2C 3onuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3onu-2 6gvz-d 3pa1-2 1drw-d 3hvx-1 3pa1-3 3ony-4 4rpb-1 4rpb-3 5zuq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.240, 81.240, 223.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-736- HOH

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 33746.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk-like virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0ZNP3
#2: 化合物	ChemComp-CHO / GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID / グリコケノデオキシコ-ル酸分子量: 449.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₄₃NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate 0.1 M Sodium acetate pH 4.6 30%(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→59.86 Å / Num. obs: 44206 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05719 / R_pim(I) all: 0.01599 / R_rim(I) all: 0.05943 / Net I/σ(I): 27.7
反射シェル	解像度: 1.54→1.59 Å / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.6674 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / Num. unique obs: 4133 / CC_1/2: 0.938 / R_pim(I) all: 0.1883 / R_rim(I) all: 0.694 / % possible all: 94.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	VERSION Nov 11, 2017	データ削減
XSCALE	VERSION Nov 11, 2017	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 2.295→43.804 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.42

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	1022	5.01 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.177	20419	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.295→43.804 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2328	0	48	98	2474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2447
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.588	3348
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.803	1425
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2953-2.4164	0.2522	141	0.1957	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4164-2.5677	0.2808	143	0.1922	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5677-2.766	0.227	142	0.1939	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.766-3.0442	0.2386	144	0.1979	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0442-3.4846	0.2435	146	0.1881	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4846-4.3896	0.201	147	0.1603	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3896-43.8122	0.1758	159	0.1582	3003	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7847	0.3807	-0.3417	0.8993	-0.5536	0.9579	0.0531	-0.0248	-0.0213	0.1122	-0.079	-0.0123	-0.1383	-0.1451	0.0421	0.345	0.0269	0.0301	0.2425	-0.0148	0.292	37.0944	-19.3636	-9.598
2	1.0864	0.3501	-0.7898	0.3873	-0.212	0.6463	-0.178	0.4263	0.4683	0.142	0.2332	-0.0228	-0.3197	-0.1032	0.0614	0.4342	0.0547	-0.0364	0.2403	0.0343	0.3884	41.543	-1.5214	-17.6603
3	0.4594	0.1607	0.4244	1.1889	-0.6241	1.1391	0.0632	-0.0642	0.093	0.2962	-0.111	-0.0013	-0.4222	0.0783	0.0144	0.3693	0.0096	0.0144	0.2215	-0.0096	0.297	46.9248	-8.8921	-11.8775
4	1.4788	1.0261	-0.3288	2.3621	-1.1652	3.3269	0.0645	-0.0578	-0.1192	0.1493	-0.0437	0.0689	0	-0.2887	-0.074	0.271	0.0025	0.0393	0.2697	0.0089	0.2962	30.8795	-31.0527	-2.0422

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 293 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 294 through 326 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 327 through 448 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 449 through 531 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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