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- PDB-6gv2: Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase Y103F,Y1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gv2
タイトルSulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase Y103F,Y130F,A198F variant in complex with L-2-keto, 3-deoxy-galactonate
要素2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
キーワードHYDROLASE / 2-keto-3-deoxygalactonate / aldolase / Sulfolobus solfataricus
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / glyoxylate catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-glyceraldehyde / 3-DEOXY-D-ARABINO-HEXONIC ACID / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Crennell, S.J. / Danson, M.J. / Royer, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase Y132V,T157C variant
著者: Crennell, S.J. / Danson, M.J. / Royer, S.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.src_method / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,70215
ポリマ－66,3932
非ポリマー1,30913
水6,503361
1
A: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,40430
ポリマ－132,7864
非ポリマー2,61926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area16580 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area40620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.478, 103.478, 245.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-582-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase


分子量: 33196.457 Da / 分子数: 2 / 変異: Y103F, Y130F, A198F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O54288, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 糖 ChemComp-SSH / 3-DEOXY-D-ARABINO-HEXONIC ACID / D-2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE / 3-デオキシ-D-マンノン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
#3: 糖 ChemComp-GXV / L-glyceraldehyde / Glyceraldehyde / (2S)-2,3-dihydroxypropanal / L-グリセルアルデヒド


タイプ: L-saccharide / 分子量: 90.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H6O3

-
非ポリマー , 3種, 370分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.1M HEPES PH 6.8, 13% PEG 4000, 8% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 46234 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W37

1w37


解像度: 2.101→42.092 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 2346 5.08 %
Rwork0.1642 --
obs0.1667 46144 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→42.092 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4660 0 94 361 5115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8736710
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2613025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1011-2.1440.25481270.21252519X-RAY DIFFRACTION100
2.144-2.19060.23941190.2062538X-RAY DIFFRACTION100
2.1906-2.24160.24711290.20192535X-RAY DIFFRACTION100
2.2416-2.29760.31061270.20632540X-RAY DIFFRACTION100
2.2976-2.35970.24331200.1922561X-RAY DIFFRACTION100
2.3597-2.42920.2581360.19152511X-RAY DIFFRACTION100
2.4292-2.50760.27311350.18992534X-RAY DIFFRACTION100
2.5076-2.59720.24011520.17332528X-RAY DIFFRACTION100
2.5972-2.70110.23131490.17182533X-RAY DIFFRACTION100
2.7011-2.8240.22281470.17492552X-RAY DIFFRACTION100
2.824-2.97290.22791230.17882570X-RAY DIFFRACTION100
2.9729-3.15910.22631500.17762563X-RAY DIFFRACTION100
3.1591-3.40290.22541450.16412573X-RAY DIFFRACTION100
3.4029-3.74520.2061300.15192618X-RAY DIFFRACTION100
3.7452-4.28670.16771320.13062648X-RAY DIFFRACTION100
4.2867-5.3990.15981540.12662647X-RAY DIFFRACTION100
5.399-42.10020.21710.1672828X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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