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- PDB-6gux: Dark-adapted structure of Archaerhodopsin-3 at 100K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gux
タイトルDark-adapted structure of Archaerhodopsin-3 at 100K
要素Archaerhodopsin-3
キーワードPROTON TRANSPORT / Membrane Protein / Rhodopsin / Archaerhodopsin / Retinal / LCP / Synchrotron / Cryo
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / nonane / HEXADECANE / RETINAL / Archaerhodopsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Halorubrum sodomense (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Moraes, I. / Judge, P.J. / Bada Juarez, J.F. / Vinals, J. / Axford, D. / Watts, A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust202892/Z/16/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N006011/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structures of the archaerhodopsin-3 transporter reveal that disordering of internal water networks underpins receptor sensitization.
著者: Bada Juarez, J.F. / Judge, P.J. / Adam, S. / Axford, D. / Vinals, J. / Birch, J. / Kwan, T.O.C. / Hoi, K.K. / Yen, H.Y. / Vial, A. / Milhiet, P.E. / Robinson, C.V. / Schapiro, I. / Moraes, I. / Watts, A.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年2月10日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity_poly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaerhodopsin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,55818
ポリマ－26,1611
非ポリマー2,39817
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Homology to bacteriorhopsin
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.701, 47.525, 104.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Archaerhodopsin-3 / AR 3


分子量: 26160.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halorubrum sodomense (古細菌) / Variant: RD-26 / 組織: MEMBRANE / 参照: UniProt: P96787

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非ポリマー , 8種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#4: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#5: 化合物
ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 100mM MES pH 5.5, 33% PEG 600, 150mM Na chloride, 150mM Ca chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→44.74 Å / Num. obs: 66292 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 11.64 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2345 / CC1/2: 0.057 / % possible all: 68.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
DIALS1.10.1データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACTV3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UAZ

1uaz


解像度: 1.3→43.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.913 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.048
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1724 1682 3.1 %RANDOM
Rwork0.1396 ---
obs0.1406 51931 96.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.01 Å2 / Biso mean: 17.44 Å2 / Biso min: 7.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→43.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1831 0 508 92 2431
Biso mean--40.41 31.78 -
残基数----241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0122195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.6472984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4761.5465405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5985.017290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.65317.63493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.8115329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.881513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.46234545
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free18.226555
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.91554527
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 106 -
Rwork0.248 3162 -
all-3268 -
obs--80.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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