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- PDB-6gth: Serial Femtosecond Crystallography at Megahertz pulse rates -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gth
タイトルSerial Femtosecond Crystallography at Megahertz pulse rates
要素Beta-lactamase
キーワードANTIBIOTIC / Ser-beta-lactamase / inhibitor / complex / avibactam
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Wiedorn, M. / Oberthuer, D. / Werner, N. / Schubert, R. / White, T.A. / Mancuso, A. / Perbandt, M. / Betzel, C. / Barty, A. / Chapman, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationCluster of Excellence 1074 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Megahertz serial crystallography.
著者: Wiedorn, M.O. / Oberthur, D. / Bean, R. / Schubert, R. / Werner, N. / Abbey, B. / Aepfelbacher, M. / Adriano, L. / Allahgholi, A. / Al-Qudami, N. / Andreasson, J. / Aplin, S. / Awel, S. / ...著者: Wiedorn, M.O. / Oberthur, D. / Bean, R. / Schubert, R. / Werner, N. / Abbey, B. / Aepfelbacher, M. / Adriano, L. / Allahgholi, A. / Al-Qudami, N. / Andreasson, J. / Aplin, S. / Awel, S. / Ayyer, K. / Bajt, S. / Barak, I. / Bari, S. / Bielecki, J. / Botha, S. / Boukhelef, D. / Brehm, W. / Brockhauser, S. / Cheviakov, I. / Coleman, M.A. / Cruz-Mazo, F. / Danilevski, C. / Darmanin, C. / Doak, R.B. / Domaracky, M. / Dorner, K. / Du, Y. / Fangohr, H. / Fleckenstein, H. / Frank, M. / Fromme, P. / Ganan-Calvo, A.M. / Gevorkov, Y. / Giewekemeyer, K. / Ginn, H.M. / Graafsma, H. / Graceffa, R. / Greiffenberg, D. / Gumprecht, L. / Gottlicher, P. / Hajdu, J. / Hauf, S. / Heymann, M. / Holmes, S. / Horke, D.A. / Hunter, M.S. / Imlau, S. / Kaukher, A. / Kim, Y. / Klyuev, A. / Knoska, J. / Kobe, B. / Kuhn, M. / Kupitz, C. / Kupper, J. / Lahey-Rudolph, J.M. / Laurus, T. / Le Cong, K. / Letrun, R. / Xavier, P.L. / Maia, L. / Maia, F.R.N.C. / Mariani, V. / Messerschmidt, M. / Metz, M. / Mezza, D. / Michelat, T. / Mills, G. / Monteiro, D.C.F. / Morgan, A. / Muhlig, K. / Munke, A. / Munnich, A. / Nette, J. / Nugent, K.A. / Nuguid, T. / Orville, A.M. / Pandey, S. / Pena, G. / Villanueva-Perez, P. / Poehlsen, J. / Previtali, G. / Redecke, L. / Riekehr, W.M. / Rohde, H. / Round, A. / Safenreiter, T. / Sarrou, I. / Sato, T. / Schmidt, M. / Schmitt, B. / Schonherr, R. / Schulz, J. / Sellberg, J.A. / Seibert, M.M. / Seuring, C. / Shelby, M.L. / Shoeman, R.L. / Sikorski, M. / Silenzi, A. / Stan, C.A. / Shi, X. / Stern, S. / Sztuk-Dambietz, J. / Szuba, J. / Tolstikova, A. / Trebbin, M. / Trunk, U. / Vagovic, P. / Ve, T. / Weinhausen, B. / White, T.A. / Wrona, K. / Xu, C. / Yefanov, O. / Zatsepin, N. / Zhang, J. / Perbandt, M. / Mancuso, A.P. / Betzel, C. / Chapman, H. / Barty, A.
履歴
登録2018年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn / entity
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9252
ポリマ－27,6581
非ポリマー2671
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.840, 41.840, 233.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27658.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ctx-m-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D2D9A0, UniProt: A0A0H3H219*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: CTX-M-14 microcrystals for SFX were produced using a seeding approach. Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion at 290 overnight mixing 1 microliter CTX-M-14 at 20 mg ml-1 and 1 ...詳細: CTX-M-14 microcrystals for SFX were produced using a seeding approach. Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion at 290 overnight mixing 1 microliter CTX-M-14 at 20 mg ml-1 and 1 microliter precipitant (40 % PEG8000, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate). Obtained crystals (space group P212121) were crushed and a seed stock was prepared. To obtain microcrystals the undiluted seedstock was used for batch crystallization setups by mixing volumes of 50 % CTX-M-14 with 10 % undiluted seed stock and 40 % precipitant solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.33 Å
検出器タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.33 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→34.603 Å / Num. obs: 27838 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 65.99 % / R split: 0.197 / Net I/σ(I): 4.37
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / R split: 0.476

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFEL0.6.3データスケーリング
PHASER位相決定
Cheetahデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TWD

5twd


解像度: 1.69→34.603 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 2037 7.32 %
Rwork0.176 --
obs0.1785 27838 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.87 Å2 / Biso mean: 25.55 Å2 / Biso min: 11.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→34.603 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1941 0 28 200 2169
Biso mean--22.24 36.62 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2232756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.307743
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.69-1.72930.2961310.271688181999
1.7293-1.77260.27771320.225116421774100
1.7726-1.82050.25571360.211817201856100
1.8205-1.87410.27641300.200216401770100
1.8741-1.93460.24821330.195117031836100
1.9346-2.00370.2461340.1717031837100
2.0037-2.08390.2131320.169316981830100
2.0839-2.17880.19241340.166116891823100
2.1788-2.29360.19541300.164717021832100
2.2936-2.43730.23951370.166317191856100
2.4373-2.62540.2451380.169817271865100
2.6254-2.88950.2181390.177217071846100
2.8895-3.30730.21341410.179317611902100
3.3073-4.16570.18261410.157717981939100
4.1657-34.61050.17251490.181719042053100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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