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万見
- PDB-6gsr: Single Particle Cryo-EM map of human Transferrin receptor 1 - H-F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gsr
タイトルSingle Particle Cryo-EM map of human Transferrin receptor 1 - H-Ferritin complex at 5.5 Angstrom resolution.
要素
  • Ferritin heavy chain
  • Transferrin receptor protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Transferrin Receptor 1 / Ferritin / Complex / Single Particle Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


transferrin receptor activity / negative regulation of mitochondrial fusion / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / iron ion sequestering activity / : / response to copper ion / response to iron ion / response to manganese ion ...transferrin receptor activity / negative regulation of mitochondrial fusion / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / iron ion sequestering activity / : / response to copper ion / response to iron ion / response to manganese ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / RHOB GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / transport across blood-brain barrier / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of bone resorption / response to retinoic acid / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of fibroblast proliferation / clathrin-coated pit / positive regulation of B cell proliferation / Hsp70 protein binding / RAC1 GTPase cycle / response to nutrient / ferric iron binding / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / acute-phase response / Iron uptake and transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein-containing complex assembly / ferrous iron binding / HFE-transferrin receptor complex / receptor internalization / recycling endosome / positive regulation of protein localization to nucleus / recycling endosome membrane / double-stranded RNA binding / extracellular vesicle / melanosome / cellular response to xenobiotic stimulus / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / tertiary granule lumen / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / early endosome / blood microparticle / endosome membrane / response to hypoxia / intracellular signal transduction / endosome / iron ion binding / positive regulation of protein phosphorylation / immune response / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferrin receptor protein 1/2, PA domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Peptidase M28 / Peptidase family M28 ...Transferrin receptor protein 1/2, PA domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transferrin receptor protein 1 / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Testi, C. / Montemiglio, L.C. / Vallone, B. / Des Georges, A. / Boffi, A. / Mancia, F. / Baiocco, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the human ferritin-transferrin receptor 1 complex.
著者: Linda Celeste Montemiglio / Claudia Testi / Pierpaolo Ceci / Elisabetta Falvo / Martina Pitea / Carmelinda Savino / Alessandro Arcovito / Giovanna Peruzzi / Paola Baiocco / Filippo Mancia / ...著者: Linda Celeste Montemiglio / Claudia Testi / Pierpaolo Ceci / Elisabetta Falvo / Martina Pitea / Carmelinda Savino / Alessandro Arcovito / Giovanna Peruzzi / Paola Baiocco / Filippo Mancia / Alberto Boffi / Amédée des Georges / Beatrice Vallone /
要旨: Human transferrin receptor 1 (CD71) guarantees iron supply by endocytosis upon binding of iron-loaded transferrin and ferritin. Arenaviruses and the malaria parasite exploit CD71 for cell invasion ...Human transferrin receptor 1 (CD71) guarantees iron supply by endocytosis upon binding of iron-loaded transferrin and ferritin. Arenaviruses and the malaria parasite exploit CD71 for cell invasion and epitopes on CD71 for interaction with transferrin and pathogenic hosts were identified. Here, we provide the molecular basis of the CD71 ectodomain-human ferritin interaction by determining the 3.9 Å resolution single-particle cryo-electron microscopy structure of their complex and by validating our structural findings in a cellular context. The contact surfaces between the heavy-chain ferritin and CD71 largely overlap with arenaviruses and Plasmodium vivax binding regions in the apical part of the receptor ectodomain. Our data account for transferrin-independent binding of ferritin to CD71 and suggest that select pathogens may have adapted to enter cells by mimicking the ferritin access gate.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0046
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: Ferritin heavy chain
Ab: Transferrin receptor protein 1
Ac: Ferritin heavy chain
Ad: Ferritin heavy chain
Ae: Ferritin heavy chain
Af: Ferritin heavy chain
Ag: Ferritin heavy chain
Ah: Ferritin heavy chain
Ai: Ferritin heavy chain
Aj: Ferritin heavy chain
Ak: Ferritin heavy chain
Al: Ferritin heavy chain
Am: Ferritin heavy chain
An: Ferritin heavy chain
Ao: Ferritin heavy chain
Ap: Ferritin heavy chain
Aq: Transferrin receptor protein 1
Ar: Ferritin heavy chain
As: Ferritin heavy chain
At: Ferritin heavy chain
Au: Ferritin heavy chain
Av: Ferritin heavy chain
Aw: Ferritin heavy chain
Ax: Ferritin heavy chain
Ay: Ferritin heavy chain
Az: Ferritin heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)650,60226
ポリマ－650,60226
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 21124.459 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain Am, E14, R22, L29, R79, F81, K119 no side chains
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: タンパク質 Transferrin receptor protein 1 / Trfr / T9 / p90


分子量: 71807.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chain Ab, L209 and Y211 no side chains. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFRC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02786

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of the ectodomain of human Transferrin Receptor 1 and H-chain Ferritin at 5.5 Angstrom resolution.COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Complex of the ectodomain of human Transferrin Receptor 1 and H-chain Ferritin at 5.5 Angstrom resolution.COMPLEX#11RECOMBINANT
3Complex of the ectodomain of human Transferrin Receptor 1 and H-chain Ferritin at 5.5 Angstrom resolution.COMPLEXall1NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 25870
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25870 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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