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万見
- PDB-6gse: Solution structure of the capsid domain from the activity-regulat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gse
タイトルSolution structure of the capsid domain from the activity-regulated cytoskeleton-associated protein, Arc
要素Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
キーワードPROTEIN BINDING / retroviral capsid domain / NMDA receptor interaction / Gag protein
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endosome / virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of AMPA receptor activity ...postsynaptic endosome / virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / neuronal ribonucleoprotein granule / clathrin-coated vesicle membrane / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of cell morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of AMPA receptor activity / regulation of long-term synaptic potentiation / response to morphine / anterior/posterior pattern specification / regulation of long-term synaptic depression / regulation of neuronal synaptic plasticity / mRNA transport / long-term memory / cytoskeleton organization / acrosomal vesicle / learning / response to cocaine / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / endocytosis / extracellular vesicle / cell migration / actin cytoskeleton / cell cortex / early endosome membrane / response to ethanol / dendritic spine / membrane raft / mRNA binding / glutamatergic synapse / dendrite / structural molecule activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, capsid domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, C-terminal domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, N-terminal domain / Arc C-lobe / Arc MA domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
データ登録者Nielsen, L.D. / Erlendsson, S. / Teilum, K.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Other private デンマーク
Other privateR151-2013-14302 デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: The Capsid Domain of Arc Changes Its Oligomerization Propensity through Direct Interaction with the NMDA Receptor.
著者: Nielsen, L.D. / Pedersen, C.P. / Erlendsson, S. / Teilum, K.
履歴
登録2018年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9961
ポリマ－18,9961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated gene 3.1 protein / Arg3.1


分子量: 18996.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63053

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic32D 1H-15N HSQC
122isotropic23D HNCA
132isotropic23D HN(CO)CA
142isotropic23D HNCO
152isotropic23D HN(CA)CO
162isotropic23D CBCA(CO)NH
172isotropic23D HN(CA)CB
182isotropic33D 1H-15N TOCSY
192isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1102isotropic33D 1H-15N NOESY
1112isotropic33D 1H-13C NOESY
1122isotropic33D 1H-13C TOCSY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution10.5 mM [U-15N] Arc, 90% H2O/10% D2O15N90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-13C; U-15N] Arc, 90% H2O/10% D2O13C-15N90% H2O/10% D2O
solution30.5 mM [U-15N] Arc, 90% H2O/10% D2O15N-RDC90% H2O/10% D2OAligned in with lambda1 phages
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMArc[U-15N]1
1 mMArc[U-13C; U-15N]2
0.5 mMArc[U-15N]3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Normal / pH: 7.4 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7502cryo-probe
Agilent DD2AgilentDD28003RT-probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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