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万見
- PDB-6gry: Glucuronoyl Esterase from Solibacter usitatus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gry
タイトルGlucuronoyl Esterase from Solibacter usitatus.
要素Putative acetyl xylan esterase
キーワードHYDROLASE / Carbohydrate Esterase
機能・相同性: / Glucuronyl esterase, fungi / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Putative acetyl xylan esterase
機能・相同性情報
生物種Candidatus Solibacter usitatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.00033771874 Å
データ登録者Lo Leggio, L. / Larsbrink, J. / Meland Knudsen, R. / Mazurkewich, S. / Navarro Poulsen, J.C.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation NNF17OC0027698 デンマーク
European UnionInterreg-programmet for Oresund-Kattegat-Skagerrak デンマーク
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2018
タイトル: Biochemical and structural features of diverse bacterial glucuronoyl esterases facilitating recalcitrant biomass conversion.
著者: Arnling Baath, J. / Mazurkewich, S. / Knudsen, R.M. / Poulsen, J.N. / Olsson, L. / Lo Leggio, L. / Larsbrink, J.
履歴
登録2018年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,82123
ポリマ－43,8381
非ポリマー1,98222
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint66 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.579, 54.579, 284.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative acetyl xylan esterase


分子量: 43838.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Solibacter usitatus (バクテリア)
遺伝子: Acid_4275 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q01YM8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 244分子

#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 293.15 K
詳細: Sitting drops of 0.3 ul were mixed in a protein:reservoir volume ratio of 3:1 using 20 mg/mL of SuCE15C in 20 mM TRIS pH 8.0
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Reservoir composition: 0.3 M diethylene glycol, 0.3 M triethylene glycol, 0.3 M tetraethylene glycol, and 0.3 M pentaethylene glycol, 0.05 M Tris, 0.05 M BICINE, 20% v/v PEG500MME, 10% w/v PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.899 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.29 Å / Num. obs: 29889 / % possible obs: 98.42 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 32.6263807138 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1157 / Net I/σ(I): 11.58
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.9087 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 22245 / CC1/2: 0.49 / % possible all: 85.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Coot0.8.9 ELモデル構築
XDSBUILT=20180126データ削減
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Undeposited model

解像度: 2.00033771874→47.2880572634 Å / SU ML: 0.257824547651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36792898849 / 位相誤差: 24.4162887397
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239192649038 967 3.23519571763 %
Rwork0.187548481682 --
obs0.18926421186 29890 98.4292159252 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.6374272208 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00033771874→47.2880572634 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 130 222 3413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01258359295093296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.206310500474413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593420281137438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00796197534052569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.39785432621944
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0003-2.10580.3047192799311250.2751642495433683X-RAY DIFFRACTION89.8325076669
2.1058-2.23770.328891809321360.2451070212614060X-RAY DIFFRACTION100
2.2377-2.41050.3085526336751380.2271427924174130X-RAY DIFFRACTION100
2.4105-2.65310.2534730159411370.2116625035234148X-RAY DIFFRACTION99.8834498834
2.6531-3.03690.2393575180771390.1932112616714182X-RAY DIFFRACTION99.9537358316
3.0369-3.82590.2132881873561420.1708205862854226X-RAY DIFFRACTION99.7943797121
3.8259-47.30130.2140636028611500.1597331054214494X-RAY DIFFRACTION99.3794136529

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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