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万見
- PDB-6grv: Cadmium(II) form of full-length metallothionein from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6grv
タイトルCadmium(II) form of full-length metallothionein from Pseudomonas fluorescens Q2-87 (PflQ2 MT)
要素Metallothionein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metallothionein / cadmium ion
機能・相同性Metallothionein, family 14, prokaryote / Prokaryotic metallothionein / Metallothionein domain superfamily / cadmium ion binding / zinc ion binding / : / Metallothionein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens Q2-87 (蛍光菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Habjanic, J. / Zerbe, O. / Freisinger, E.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Other governmentFK-15-085 スイス
Other governmentFK-17-091 スイス
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2018
タイトル: A histidine-rich Pseudomonas metallothionein with a disordered tail displays higher binding capacity for cadmium than zinc.
著者: Habjanic, J. / Zerbe, O. / Freisinger, E.
履歴
登録2018年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallothionein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2725
ポリマ－8,8231
非ポリマー4504
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area220 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Metallothionein


分子量: 8822.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens Q2-87 (蛍光菌)
遺伝子: PflQ2_2045 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J2EKT7
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
171isotropic12D 1H-15N HSQC
181isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
191isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HN(CO)CA
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
1171isotropic13D HBHA(CO)NH
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1161isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1151isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
161isotropic33D 1H-15N NOESY
1101isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
2142isotropic21D 113Cd
2132isotropic22D 1H-113Cd HSQC-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-13C; U-15N] metallothionein, 2 mM cadmium ion, 50 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21.5 mM metallothionein, 6 mM U-113CD cadmium ion, 50 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O113Cd_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMmetallothionein[U-13C; U-15N]1
2 mMcadmium ionnatural abundance1
50 mMTRIS[U-2H]1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1.5 mMmetallothioneinnatural abundance2
6 mMcadmium ionU-113CD2
50 mMTRIS[U-2H]2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpHPH err圧 (kPa)温度 (K)
150 mMconditions_17.40.21 atm300 K
250 mMconditions_27.40.21 atm320 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001CRYO TCI inverse triple-resonance (1H; 13C; 15N) probe with a cold 13C-Channel and an actively shielded z-gradient coil
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7003CRYO TXI inverse triple-resonance (1H; 13C; 15N) with an actively shielded z-gradient coil
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II5002CRYO 5 mm BBO probe with an actively shielded z-gradient coil

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4Bruker Biospincollection
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
CARA1.9.1Keller and Wuthrichchemical shift assignment
UNIO2.02Hermannpeak picking
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Xplor-NIH4Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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