PDB-6gq8: Superoxide reductase from Nanoarchaeum equitans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gq8

タイトル

Superoxide reductase from Nanoarchaeum equitans

要素

NEQ011

キーワード

OXIDOREDUCTASE / neelaredoxin / superoxide anion / reactive oxygen species / archaea / enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nanoarchaeum equitans Kin4-M (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Romao, C.V. / Matias, P.M. / Teixeira, M. / Bandeiras, T.M.

資金援助

ポルトガル, 5件

組織	認可番号	国
	Fundacao para a Ciencia e Tecnologia - PTDC/BIA-PRO/111940/2009	ポルトガル
	Fundacao para a Ciencia e Tecnologia - PTDC/BBB-BQB/3135/2014	ポルトガル
	Fundacao para a Ciencia e Tecnologia-MOSTMICRO -LISBOA-01-0145-FEDER-007660	ポルトガル
	Fundacao para a Ciencia e Tecnologia - iNOVA4Health - LISBOA-01-0145-FEDER-007344	ポルトガル
	Fundacao para a Ciencia e Tecnologia - SFRH/BPD/94050/2013	ポルトガル

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Insights into the Structures of Superoxide Reductases from the Symbionts Ignicoccus hospitalis and Nanoarchaeum equitans.
著者: Romao, C.V. / Matias, P.M. / Sousa, C.M. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Bandeiras, T.M.

履歴

登録	2018年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2018年6月20日	ID: 4BV1
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gq8.cif.gz	197.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gq8.ent.gz	159.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6gq8_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gq8_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6gq8_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	6gq8_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/6gq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/6gq8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1dqiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bv1-d 1uuq-d 5yae-d 4lbh-1 4lbi-d 6trh-3 4px1-d 1odz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NEQ011

B: NEQ011

C: NEQ011

D: NEQ011

ヘテロ分子

51.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The biological Unit is a tetramer

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.880, 82.010, 91.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NEQ011 分子量: 12737.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans Kin4-M (古細菌) 遺伝子: NEQ011 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q74MF3
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 % 解説: Blue Crystals with shape of a truncated rectangular pyramid
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 25% (w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月11日 / 詳細: Bent Cylindrical Mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→45.1 Å / Num. obs: 31984 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 28 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2864 / CC_1/2: 0.858 / R_pim(I) all: 0.237 / R_rim(I) all: 0.453 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DQI

1dqi

解像度: 1.9→45.1 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2404	1580	5.09 %
R_work	0.2059	-	-
obs	0.2077	31054	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3600	0	4	115	3719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3709
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.501	5017
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.93	2233
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	633

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.9614	0.349	125	0.3213	2503	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9614-2.0315	0.3196	147	0.2882	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0315-2.1128	0.3039	127	0.263	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1128-2.209	0.2882	148	0.2584	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.3255	0.278	142	0.2362	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3255-2.4712	0.2558	128	0.2386	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4712-2.6619	0.3059	157	0.2387	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6619-2.9298	0.2837	162	0.2379	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9298-3.3536	0.2253	145	0.2071	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3536-4.2247	0.2252	141	0.1737	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2247-45.119	0.184	158	0.1592	2796	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8193	-1.9692	-1.2467	4.9656	0.572	3.7091	0.6134	0.2963	-0.8904	-0.6213	-0.3955	0.7706	0.1586	-0.4007	-0.2148	0.4694	0.0387	-0.2318	0.3381	-0.0441	0.6767	-21.6637	-18.5003	13.185
2	4.5231	-0.8354	-1.1982	2.9104	-0.9087	1.6557	0.2022	0.5274	-1.4543	-0.6949	-0.1035	-0.056	0.485	-0.0123	-0.2377	0.5292	0.0201	-0.1567	0.3318	-0.0575	0.847	-10.1301	-23.5888	18.8318
3	6.9513	-2.6809	3.4458	6.2327	-1.3604	6.9439	0.1557	0.9422	0.3735	-0.9291	-0.1832	0.7565	0.1335	-0.3555	-0.0858	0.3317	0.0041	-0.0898	0.388	0.0814	0.4502	-22.6518	-7.694	12.8637
4	6.2844	-1.2317	1.8288	3.8224	-0.8176	2.5407	0.0921	0.0614	-0.7518	0.2209	0.0345	0.6578	0.0101	0.0228	-0.1841	0.2876	-0.0015	-0.014	0.2319	-0.0038	0.4696	-18.1082	-15.1502	23.111
5	9.1225	0.545	1.8607	3.1448	-0.1352	3.3087	0.1756	1.4603	-0.3415	-0.3926	-0.3733	0.3376	0.0607	0.0557	0.2121	0.407	0.0904	-0.1185	0.4774	-0.1587	0.4061	-15.7017	-14.6551	11.2795
6	7.2565	-1.1351	-0.6678	3.9261	-0.3144	4.446	0.339	0.4361	1.0505	-0.8745	-0.1752	-0.7665	-0.3423	-0.2895	-0.2749	0.3647	-0.0266	0.2097	0.389	0.1381	0.569	-3.5623	4.9133	14.2623
7	5.51	-1.9809	-0.5872	3.0016	0.7192	3.4379	0.1653	1.5527	1.3295	-0.1971	-0.1326	0.1454	-0.6167	-0.5397	-0.1672	0.4887	0.0413	0.0783	0.5359	0.1495	0.5691	-15.4688	9.8138	19.356
8	1.8891	-1.3631	-2.6663	5.953	0.8006	7.4729	0.0954	0.5813	-0.749	-1.1437	-0.0066	-0.6844	0.2327	0.6069	-0.0403	0.329	0.0147	0.0694	0.4115	-0.0496	0.4151	-2.599	-5.8227	13.4624
9	4.5485	-0.2496	-0.9391	4.5497	0.1322	3.2032	0.1743	0.4334	0.0715	0.0722	-0.1848	-0.1606	-0.0809	-0.1464	-0.0724	0.1854	-0.0028	0.01	0.1718	0.049	0.1736	-7.7653	1.2352	23.6788
10	4.6153	-0.3431	0.4267	2.7092	1.3258	3.5831	1.2278	1.7594	0.3304	-0.851	-0.7068	-0.1365	-0.6319	0.0153	-0.2037	0.4125	0.1485	0.0469	0.4975	0.1278	0.2922	-9.4519	1.2333	11.8275
11	5.9591	-2.7704	0.5362	5.4647	-1.5364	4.6861	0.0345	-0.5053	0.1594	0.4306	-0.0672	-0.6314	0.1307	0.1041	0.0559	0.4144	-0.0697	-0.0797	0.3491	-0.0871	0.4837	-3.0117	3.3987	38.9271
12	3.3844	-0.032	-0.1601	0.8138	0.0771	2.7379	0.1832	-0.2168	-0.4158	0.9505	-0.0991	-1.7147	0.6384	0.4712	-0.1874	0.4821	0.0293	-0.191	0.4669	0.0245	0.7782	3.6735	-7.6355	33.6285
13	6.5561	-1.3461	0.5655	4.6062	1.1673	2.8241	0.069	-1.0147	0.2818	0.8602	0.0501	0.471	0.1912	-0.1945	-0.1716	0.4092	-0.0396	0.0808	0.3436	0.0274	0.2366	-13.5458	2.7742	38.7443
14	4.0599	-0.3214	-0.0599	4.9755	2.0162	2.3298	-0.051	-0.2469	0.051	0.6618	0.1306	-0.351	0.1316	0.1075	-0.102	0.2519	0.0098	-0.0151	0.1781	0.084	0.1724	-5.6505	-0.8248	28.9464
15	3.5896	-0.78	-0.7845	2.268	1.1424	2.723	-0.1655	-0.4372	0.1516	1.2709	0.3064	-0.2176	0.3524	0.3864	-0.0353	0.4376	-0.0122	-0.0904	0.4269	0.0059	0.3437	-6.0745	-3.0079	40.82
16	4.0374	-2.044	-1.1999	6.4286	0.4016	4.0252	0.3023	-0.2106	-0.5442	0.4054	-0.4405	1.175	-0.1384	-0.3206	0.0859	0.4591	-0.117	0.1293	0.4521	0.2146	0.8889	-23.8988	-17.6338	37.9626
17	1.7181	-0.6886	1.4378	3.8651	1.6441	2.7117	0.1824	-0.3613	-0.1127	0.4678	-0.0587	1.6112	-0.2013	-0.8073	-0.219	0.5096	-0.0642	0.1533	0.4465	0.0939	0.8776	-30.2425	-6.5716	32.3782
18	1.8314	-1.6513	-0.2527	7.0622	-2.2695	5.4963	-0.0067	-0.9827	-0.76	1.4093	0.0659	-0.8631	0.1374	0.3168	-0.0919	0.4315	-0.0701	-0.1472	0.3557	0.1377	0.6044	-13.0908	-17.2882	38.6691
19	3.854	-0.7579	0.53	4.7824	-1.9449	2.3574	0.1727	0.0327	-0.5387	0.17	-0.1276	0.2751	0.1587	-0.1061	-0.1395	0.2637	-0.0111	-0.0328	0.2276	0.0238	0.3895	-20.5931	-13.238	28.2929
20	2.3181	0.5573	-0.2997	9.1419	-0.5742	1.9972	0.1047	-0.761	-0.1628	1.1027	-0.1412	0.1833	-0.164	-0.2957	0.0209	0.4187	-0.0621	0.0848	0.4208	0.1699	0.3901	-21.0418	-11.2915	40.1792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:25)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 26:44)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 45:55)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 56:88)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 89:109)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 1:25)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 26:44)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 45:55)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 56:88)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 89:109)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 1:25)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 26:44)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 45:55)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 56:88)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 89:109)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 1:25)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 26:44)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 45:55)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 56:88)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 89:109)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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