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万見
- PDB-6gpl: Crystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gpl
タイトルCrystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase in complex with GDP-4k6d-Man
要素GDP-mannose 4,6 dehydratase
キーワードLYASE (リアーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-fucose biosynthesis / GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / Notchシグナリング / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F7E / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GDP-mannose 4,6 dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Pfeiffer, M. / Krojer, T. / Johansson, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Nidetzky, B. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: A Parsimonious Mechanism of Sugar Dehydration by Human GDP-Mannose-4,6-dehydratase.
著者: Pfeiffer, M. / Johansson, C. / Krojer, T. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Nidetzky, B.
履歴
登録2018年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GDP-mannose 4,6 dehydratase
C: GDP-mannose 4,6 dehydratase
D: GDP-mannose 4,6 dehydratase
E: GDP-mannose 4,6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,27122
ポリマ－160,2264
非ポリマー6,04518
水15,961886
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18330 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area44360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.260, 122.770, 139.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
12B
22D
13B
23E
14C
24D
15C
25E
16D
26E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010B23 - 371
2010C23 - 371
1020B21 - 372
2020D21 - 372
1030B23 - 367
2030E23 - 367
1040C23 - 371
2040D23 - 371
1050C23 - 367
2050E23 - 367
1060D23 - 367
2060E23 - 367

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BCDE

#1: タンパク質
GDP-mannose 4,6 dehydratase / GDP-D-mannose dehydratase / GMD


分子量: 40056.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GMDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60547, GDP-mannose 4,6-dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 904分子

#2: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン / ビシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-F7E / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},6~{R})-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)-5-oxidanylidene-oxan-2-yl] hydrogen phosphate / GDP-4-ケト-6-デオキシ-D-マンノ-ス


分子量: 587.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H23N5O15P2
#4: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 20% PEG6000, 0.1M bicine pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→39.09 Å / Num. obs: 151973 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.76→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.76→39.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.623 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18956 7486 4.9 %RANDOM
Rwork0.16857 ---
obs0.16962 144387 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.76→39.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10754 0 391 886 12031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.96515634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.939323838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96951370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.13223.783526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.766151839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0511570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6212.7155490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6212.7155485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3864.0596858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3864.0596858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3642.9236001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3642.9236001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6454.2858777
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.00532.09212947
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.00532.09412948
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B230480.06
12C230480.06
21B230040.07
22D230040.07
31B226080.06
32E226080.06
41C227400.05
42D227400.05
51C225260.05
52E225260.05
61D224480.05
62E224480.05
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 552 -
Rwork0.285 10576 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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