PDB-6gog: KRAS-169 Q61H GPPNHP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gog

タイトル

KRAS-169 Q61H GPPNHP

要素

GTPase KRas

キーワード

ONCOPROTEIN / KRAS

機能・相同性

機能・相同性情報

forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants ...forebrain astrocyte development / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / type I pneumocyte differentiation / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / glial cell proliferation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / homeostasis of number of cells within a tissue / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / small monomeric GTPase / VEGFR2 mediated cell proliferation / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / G protein activity / cytoplasmic side of plasma membrane / Regulation of RAS by GAPs / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / RAS processing / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Ca2+ pathway / gene expression / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / mitochondrial outer membrane / positive regulation of protein phosphorylation / Golgi membrane / focal adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Cruz-Migoni, A. / Quevedo, C.E. / Carr, S.B. / Phillips, S.V.E. / Rabbitts, T.H.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structure-based development of new RAS-effector inhibitors from a combination of active and inactive RAS-binding compounds.
著者: Cruz-Migoni, A. / Canning, P. / Quevedo, C.E. / Bataille, C.J.R. / Bery, N. / Miller, A. / Russell, A.J. / Phillips, S.E.V. / Carr, S.B. / Rabbitts, T.H.

履歴

登録	2018年6月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gog.cif.gz	239.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gog.ent.gz	191.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gog_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gog_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	6gog_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	6gog_validation.cif.gz	68.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/6gog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/6gog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6godC 6goeC 6gofC 6gomC 6gqtC 6gqwC 6gqxC 6gqyC 3gftS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fa1-d 5oco-d 6gqy-d 6gqw-d 6fa2-d 6fa4-d 6gom-d 6gqt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (48) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (47) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (7) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (6) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (2) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (48)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (47)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (7)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (6)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPase KRas

B: GTPase KRas

C: GTPase KRas

D: GTPase KRas

E: GTPase KRas

F: GTPase KRas

ヘテロ分子

123 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.565, 118.748, 156.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	HIS	HIS	A	A	-2 - 166	2 - 170
2	1	PHE	PHE	HIS	HIS	B	B	-2 - 166	2 - 170
1	2	PHE	PHE	HIS	HIS	A	A	-2 - 166	2 - 170
2	2	PHE	PHE	HIS	HIS	C	C	-2 - 166	2 - 170
1	3	PHE	PHE	LYS	LYS	A	A	-2 - 167	2 - 171
2	3	PHE	PHE	LYS	LYS	D	D	-2 - 167	2 - 171
1	4	PHE	PHE	HIS	HIS	A	A	-2 - 166	2 - 170
2	4	PHE	PHE	HIS	HIS	E	E	-2 - 166	2 - 170
1	5	PHE	PHE	HIS	HIS	A	A	-2 - 166	2 - 170
2	5	PHE	PHE	HIS	HIS	F	F	-2 - 166	2 - 170
1	6	TYR	TYR	HIS	HIS	B	B	-3 - 166	1 - 170
2	6	TYR	TYR	HIS	HIS	C	C	-3 - 166	1 - 170
1	7	TYR	TYR	LYS	LYS	B	B	-3 - 167	1 - 171
2	7	TYR	TYR	LYS	LYS	D	D	-3 - 167	1 - 171
1	8	TYR	TYR	GLU	GLU	B	B	-3 - 168	1 - 172
2	8	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	-3 - 168	1 - 172
1	9	TYR	TYR	HIS	HIS	B	B	-3 - 166	1 - 170
2	9	TYR	TYR	HIS	HIS	F	F	-3 - 166	1 - 170
1	10	TYR	TYR	LYS	LYS	C	C	-3 - 167	1 - 171
2	10	TYR	TYR	LYS	LYS	D	D	-3 - 167	1 - 171
1	11	TYR	TYR	LYS	LYS	C	C	-3 - 167	1 - 171
2	11	TYR	TYR	LYS	LYS	E	E	-3 - 167	1 - 171
1	12	TYR	TYR	LYS	LYS	C	C	-3 - 167	1 - 171
2	12	TYR	TYR	LYS	LYS	F	F	-3 - 167	1 - 171
1	13	TYR	TYR	LYS	LYS	D	D	-3 - 167	1 - 171
2	13	TYR	TYR	LYS	LYS	E	E	-3 - 167	1 - 171
1	14	TYR	TYR	LYS	LYS	D	D	-3 - 167	1 - 171
2	14	TYR	TYR	LYS	LYS	F	F	-3 - 167	1 - 171
1	15	TYR	TYR	LYS	LYS	E	E	-3 - 167	1 - 171
2	15	TYR	TYR	LYS	LYS	F	F	-3 - 167	1 - 171

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras 分子量: 19777.307 Da / 分子数: 6 / 変異: Q61H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→94.6 Å / Num. obs: 74311 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.14 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 4062 / CC_1/2: 0.888 / R_pim(I) all: 0.21 / R_rim(I) all: 0.43 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GFT

3gft

解像度: 2.05→29.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.301 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19061	3728	5 %	RANDOM
R_work	0.17123	-	-	-
obs	0.17221	70508	98.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.906 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.9 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.05→29.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8134	0	237	693	9064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.014	8618
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7518
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.676	11701
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.013	1.651	17635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.078	5	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.257	22.5	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.911	15	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.342	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.161	2.849	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.161	2.847	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.377	4.234	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.377	4.235	5177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.391	3.494	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.384	3.493	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.587	5.021	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.746	35.163	9714
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.746	35.155	9713
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5315	0.1
1	2	B	5315	0.1
2	1	A	5308	0.11
2	2	C	5308	0.11
3	1	A	5282	0.09
3	2	D	5282	0.09
4	1	A	5230	0.1
4	2	E	5230	0.1
5	1	A	5299	0.1
5	2	F	5299	0.1
6	1	B	5392	0.08
6	2	C	5392	0.08
7	1	B	5351	0.08
7	2	D	5351	0.08
8	1	B	5357	0.08
8	2	E	5357	0.08
9	1	B	5400	0.07
9	2	F	5400	0.07
10	1	C	5383	0.08
10	2	D	5383	0.08
11	1	C	5415	0.08
11	2	E	5415	0.08
12	1	C	5530	0.07
12	2	F	5530	0.07
13	1	D	5334	0.08
13	2	E	5334	0.08
14	1	D	5353	0.08
14	2	F	5353	0.08
15	1	E	5415	0.08
15	2	F	5415	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	226	-
R_work	0.196	4677	-
obs	-	-	89.73 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)