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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gmz | ||||||
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タイトル | Staphylopine dehydrogenase in complex with Histidine tag and citrate | ||||||
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![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / staphylopine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | staphylopine dehydrogenase / Opine metallophore dehydrogenase / Staphylopine dehydrogenase / oxidoreductase activity / CITRIC ACID / AMMONIUM ION / Staphylopine synthase / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hajjar, C. / Arnoux, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Control by Metals of Staphylopine Dehydrogenase Activity during Metallophore Biosynthesis. 著者: Hajjar, C. / Fanelli, R. / Laffont, C. / Brutesco, C. / Cullia, G. / Tribout, M. / Nurizzo, D. / Borezee-Durant, E. / Voulhoux, R. / Pignol, D. / Lavergne, J. / Cavelier, F. / Arnoux, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54615.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: APW47_05390 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 436.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 219分子 ![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-NH4 / |
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#4: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#5: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 52360 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.664 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.22→47.2 Å
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拘束条件 |
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