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万見
- PDB-6gmy: Tc-DNA/RNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gmy
タイトルTc-DNA/RNA duplex
要素
  • RNA (5'-R(*GP*UP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3')
  • Tc-DNA (5'-(*(TCJ)P*(TTK)P*(TCJ)P*(TCS)P*(TCS)P*(TCJ)P*(TTK)P*(TTK)P*(TCY)P*(TCJ))-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / tricyclo-DNA / Modified nucleic acids / Modified oligonucleotide / Tc-DNA
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Istrate, A. / Johannsen, S. / Istrate, A. / Sigel, R.K.O. / Leumann, C.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: NMR solution structure of tricyclo-DNA containing duplexes: insight into enhanced thermal stability and nuclease resistance.
著者: Istrate, A. / Johannsen, S. / Istrate, A. / Sigel, R.K.O. / Leumann, C.J.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.02019年5月15日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 2.12019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tc-DNA (5'-(*(TCJ)P*(TTK)P*(TCJ)P*(TCS)P*(TCS)P*(TCJ)P*(TTK)P*(TTK)P*(TCY)P*(TCJ))-3')
B: RNA (5'-R(*GP*UP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5932
ポリマ－6,5932
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 Tc-DNA (5'-(*(TCJ)P*(TTK)P*(TCJ)P*(TCS)P*(TCS)P*(TCJ)P*(TTK)P*(TTK)P*(TCY)P*(TCJ))-3')


分子量: 3352.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量: 3240.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
222isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D DQF-COSY
151isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM tc-DNA/RNA, 50 mM NaCl, 10 mM NaH2PO4, 100% D2OD2O100% D2O
solution20.5 mM tc-DNA/RNA, 50 mM NaCl, 10 mM NaH2PO4, 90% H2O/10% D2OH2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMtc-DNA/RNAnatural abundance1
50 mMNaClnatural abundance1
10 mMNaH2PO4natural abundance1
0.5 mMtc-DNA/RNAnatural abundance2
50 mMNaClnatural abundance2
10 mMNaH2PO4natural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1NaCl 50 mM, NaH2PO4 10 mM Not definedD2O 298K7.05 1 atm298 K
2NaCl 50 mM, NaH2PO4 10 mM Not definedH2O 283K7.05 1 atm283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
GROMOSvan Gunsteren and Berendsen精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
simulated annealing2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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