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- PDB-6gky: Crystal structure of Coclaurine N-Methyltransferase (CNMT) bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gky
タイトルCrystal structure of Coclaurine N-Methyltransferase (CNMT) bound to N-methylheliamine and SAH
要素Coclaurine N-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / N-methylheliamine / Coclaurine N-Methyltransferase
機能・相同性(RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase / (RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 6,7-dimethoxy-2,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-3-one / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Coclaurine N-methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Coptis japonica (オウレン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.847 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Levy, C.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
英国
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / : 2018
タイトル: Structure and Biocatalytic Scope of Coclaurine N-Methyltransferase.
著者: Bennett, M.R. / Thompson, M.L. / Shepherd, S.A. / Dunstan, M.S. / Herbert, A.J. / Smith, D.R.M. / Cronin, V.A. / Menon, B.R.K. / Levy, C. / Micklefield, J.
履歴
登録2018年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coclaurine N-methyltransferase
B: Coclaurine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3256
ポリマ-82,1422
非ポリマー1,1834
00
1
B: Coclaurine N-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Coclaurine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3256
ポリマ-82,1422
非ポリマー1,1834
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)48.295, 95.957, 154.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Coclaurine N-methyltransferase


分子量: 41070.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coptis japonica (オウレン) / 遺伝子: cnmt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q948P7, (RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-F2Z / 6,7-dimethoxy-2,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-3-one / 6,7-ジメトキシ-1,2-ジヒドロイソキノリン-3(4H)-オン


分子量: 207.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C11H13NO3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M Ethylene Glycol 0.1 M HEPES/MOPS (pH 7.4) 37.5 % MPD_PEG 1K/PEG 3350 and 1 mM AdoHcy

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.847→50 Å / Num. obs: 17366 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.85→3.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
X-Areaデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.847→46.097 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2954 866 4.99 %
Rwork0.2151 --
obs0.219 17366 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 223.61 Å2 / Biso mean: 83.0753 Å2 / Biso min: 29.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.847→46.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5750 0 108 0 5858
Biso mean--88.29 --
残基数----702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6088058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0011018
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5652234
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8472-3.02560.38951480.31282654280298
3.0256-3.25910.37721400.294127092849100
3.2591-3.5870.31581340.23827342868100
3.587-4.10580.29511450.211627312876100
4.1058-5.17170.29251360.182527832919100
5.1717-46.10320.25221630.19552889305299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97230.53730.53571.9567-0.3512.86850.0264-0.3461-0.030.25090.19410.1590.3637-0.7564-0.14820.4618-0.05790.0570.4818-0.01940.47537.999710.6762-18.3869
21.8343-0.94841.69632.2177-0.92891.5807-0.1876-0.48180.17740.2690.1642-0.4867-0.15640.2602-0.03370.4391-0.0389-0.03310.70830.00730.606929.195324.68-20.7393
32.33910.89061.05070.63670.46581.5098-0.3852-0.13840.62220.29320.1254-0.3684-0.72630.07980.11370.7282-0.0864-0.21330.4333-0.02140.67327.868936.1545-21.2153
41.8773-0.62290.7152.8676-1.09472.71030.0003-0.23230.090.00790.1229-0.18310.1245-0.0734-0.06690.23860.01570.02870.3529-0.08020.337619.972618.1737-19.8881
52.1396-0.5368-1.67541.68271.21263.47940.1483-0.3530.03920.11760.05550.0914-0.56410.4309-0.33690.636-0.0982-0.02460.4956-0.04130.4786-12.704940.171656.712
62.01050.3507-1.68341.44950.4221.75510.1636-0.8233-0.25140.7904-0.20290.52610.28370.05330.31461.0059-0.19140.23780.8365-0.07410.7094-29.108625.864961.2119
70.9967-1.009-0.4253.2146-0.08851.77280.17660.2025-0.17490.9287-0.62530.73440.2738-0.43760.40540.5494-0.20080.14540.791-0.0820.6422-34.390917.766649.9261
82.2031.007-0.66272.444-1.6192.8530.2772-0.4982-0.39770.5257-0.4139-0.09860.7744-0.17790.04590.8034-0.10380.0310.5527-0.04840.4867-27.986511.516457.5949
91.8837-0.3549-0.72712.47310.73361.90830.1734-0.36620.1690.5595-0.21160.131-0.03070.01580.08650.7194-0.07450.08320.4657-0.02230.4117-23.190630.685756.3742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 66 )A7 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 141 )A67 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 142 through 222 )A142 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 223 through 357 )A223 - 357
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 66 )B7 - 66
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 67 through 109 )B67 - 109
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 110 through 141 )B110 - 141
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 142 through 222 )B142 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 223 through 357 )B223 - 357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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