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- PDB-6gkx: Crystal structure of the R-type bacteriocin tube protein CD1364 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gkx
タイトルCrystal structure of the R-type bacteriocin tube protein CD1364 from Clostridium difficile in the pre-assembled state
要素Putative phage XkdM-like protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Diffocin Tube
機能・相同性Phage tail tube protein / XkdM-like superfamily / Phage tail tube protein / Phage XkdM-like protein
機能・相同性情報
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schwemmlein, N. / Pippel, J. / Gazdag, E.M. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Volkswagen FoundationVWZN2889/3215/3266. ドイツ
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: Crystal Structures of R-Type Bacteriocin Sheath and Tube Proteins CD1363 and CD1364 FromClostridium difficilein the Pre-assembled State.
著者: Schwemmlein, N. / Pippel, J. / Gazdag, E.M. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2018年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative phage XkdM-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3141
ポリマ－16,3141
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.323, 36.323, 216.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Putative phage XkdM-like protein


分子量: 16313.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD630_13640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18BM9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M ammoniumchloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.36 Å / Num. obs: 24715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.8 % / Biso Wilson estimate: 23.34 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.5-1.5325.92.2911940.7040.4552.335100
8.22-43.3617.40.04122710.010.04299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.3データスケーリング
PHENIXdev_3112精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GUJ

2guj


解像度: 1.5→35.824 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 1177 4.79 %
Rwork0.1915 --
obs0.1928 24596 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.24 Å2 / Biso mean: 40.8498 Å2 / Biso min: 16.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→35.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1031 0 0 129 1160
Biso mean---38.3 -
残基数----134
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.56830.30951300.267828392969
1.5683-1.6510.29891470.234428793026
1.651-1.75440.26791440.217328252969
1.7544-1.88980.2381510.197128933044
1.8898-2.080.21011400.183928903030
2.08-2.38090.23321730.179828963069
2.3809-2.99950.21621540.195729813135
2.9995-35.8340.20221380.184532163354
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.44120.51051.11381.6394-0.25545.6552-0.1415-0.20210.12260.25460.1326-0.1076-0.1550.5151-0.05570.23860.0672-0.04710.2021-0.04780.24138.492622.267792.1791
24.25751.57192.2256.00233.79015.9575-0.1212-0.0711-0.14620.25660.3236-0.3367-0.01530.3831-0.21840.1840.0491-0.02850.18130.01940.20437.880425.137990.8252
37.3893-5.5325-6.53045.96035.38496.58030.55340.1655-0.1889-0.8182-0.8070.6787-0.3084-0.92920.29740.38930.113-0.00670.7152-0.03050.247620.544630.6596109.6565
46.6307-1.2292-0.73415.35342.92534.56220.03090.3235-0.312-0.05350.1177-0.27060.29130.3954-0.15230.1313-0.02370.01940.1824-0.00340.203437.835926.136983.0302
54.7474-4.5232-4.79584.49374.36718.28020.55430.1412-0.0637-0.3686-0.08430.2334-0.58260.1299-0.46030.28680.0069-0.0260.19030.00480.222624.654427.537175.2204
69.3164-5.20266.40586.6333-4.57736.85020.03320.1543-0.32970.14940.12980.13610.11640.2683-0.13790.17650.01470.01260.1567-0.02140.150330.607323.781887.3465
72.0891-0.69310.18173.8298-1.66074.36370.0287-0.03760.03910.25040.0519-0.26770.12640.41930.01950.17650.0325-0.04320.2066-0.05110.190736.880924.515991.1959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 21 )A7 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 35 )A22 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 36 through 56 )A36 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 57 through 70 )A57 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 71 through 81 )A71 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 82 through 92 )A82 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 93 through 142 )A93 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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