[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6gkx: Crystal structure of the R-type bacteriocin tube protein CD1364 f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gkx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the R-type bacteriocin tube protein CD1364 from Clostridium difficile in the pre-assembled state | ||||||
Components | Putative phage XkdM-like protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / Diffocin Tube | ||||||
Function / homology | Phage tail tube protein / XkdM-like superfamily / Phage tail tube protein / Phage XkdM-like protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Peptoclostridium difficile (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Schwemmlein, N. / Pippel, J. / Gazdag, E.M. / Blankenfeldt, W. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Front Microbiol / Year: 2018 Title: Crystal Structures of R-Type Bacteriocin Sheath and Tube Proteins CD1363 and CD1364 FromClostridium difficilein the Pre-assembled State. Authors: Schwemmlein, N. / Pippel, J. / Gazdag, E.M. / Blankenfeldt, W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gkx.cif.gz | 94.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6gkx.ent.gz | 73.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gkx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6gkx_validation.pdf.gz | 419.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6gkx_full_validation.pdf.gz | 421.1 KB | Display | |
Data in XML | 6gkx_validation.xml.gz | 8.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6gkx_validation.cif.gz | 11.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gkx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6gkwC 2gujS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16313.716 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Peptoclostridium difficile (strain 630) (bacteria) Strain: 630 / Gene: CD630_13640 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q18BM9 |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.86 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG3350, 0.2 M ammoniumchloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.918 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 31, 2014 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→43.36 Å / Num. obs: 24715 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 24.8 % / Biso Wilson estimate: 23.34 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 19.7 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2GUJ Resolution: 1.5→35.824 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.94
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 174.24 Å2 / Biso mean: 40.8498 Å2 / Biso min: 16.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→35.824 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|