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- PDB-6gke: Aleuria aurantia lectin AAL N224Q mutant in complex with Fucalpha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gke
タイトルAleuria aurantia lectin AAL N224Q mutant in complex with Fucalpha1-6GlcNAc
要素Fucose-specific lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / propeller / fucose
機能・相同性
機能・相同性情報


reproductive fruiting body development / fucose binding / defense response to fungus / carbohydrate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fucose-specific lectin / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Fucose-specific lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Aleuria aurantia (ヒイロチャワンタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Houser, J. / Wimmerova, M. / Herrera, H. / Mehta, A.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural dynamics and applications of a fucose-binding lectin with enhanced binding to alpha-1,6-linked core fucosylation
著者: Herrera, H. / Wang, M. / Romano, P. / Wimmerova, M. / Houser, J. / Kortagere, S. / Mehta, A.S.
履歴
登録2018年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,51811
ポリマ－35,0641
非ポリマー1,45410
水8,791488
1
A: Fucose-specific lectin
ヘテロ分子

A: Fucose-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,03622
ポリマ－70,1272
非ポリマー2,90920
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6300 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.320, 48.650, 57.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Fucose-specific lectin / Aleuria aurantia lectin / AAL


分子量: 35063.730 Da / 分子数: 1 / 変異: N224Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aleuria aurantia (ヒイロチャワンタケ)
プラスミド: pD444-ompA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P18891

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糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 493分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 12% PEG6000, 0.12 M citrate buffer pH 5.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→17.61 Å / Num. obs: 151349 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 5.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.08→1.14 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 21595 / CC1/2: 0.893 / Rpim(I) all: 0.199 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP11.0.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MXC

5mxc


解像度: 1.08→17.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.567 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.021 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12788 7610 5 %RANDOM
Rwork0.11695 ---
obs0.1175 143739 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 8.947 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0 Å20.37 Å2
2---0.43 Å2-0 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.08→17.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2346 0 97 488 2931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0142697
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.6853709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9311.6875510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4955361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.69321.969127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.80615402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7061515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023059
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02550
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5530.7381297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5520.7381296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8211.1161633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8221.1161634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5880.8361399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5880.8361399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7741.2162050
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.25110.2923223
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.5689.1073060
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.64135032
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.4075293
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.97855151
LS精密化 シェル解像度: 1.08→1.108 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 507 -
Rwork0.221 10387 -
obs--96.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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