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- PDB-6gkd: human NBD1 of CFTR in complex with nanobodies D12 and G3a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gkd
タイトルhuman NBD1 of CFTR in complex with nanobodies D12 and G3a
要素
  • Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
  • Nanobody D12
  • Nanobody G3a
キーワードHYDROLASE / Cystic Fibrosis / CFTR / nanobodies / thermal stabilization / conformational dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / amelogenesis ...positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / amelogenesis / chloride channel inhibitor activity / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / Golgi-associated vesicle membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / cholesterol transport / membrane hyperpolarization / vesicle docking involved in exocytosis / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride channel regulator activity / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / chloride channel activity / cholesterol biosynthetic process / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of exocytosis / chloride channel complex / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / cellular response to forskolin / cellular response to cAMP / chloride transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / isomerase activity / establishment of localization in cell / PDZ domain binding / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Late endosomal microautophagy / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / recycling endosome / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / apical plasma membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site ...: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
surcrose isoform / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Sigoillot, M. / Overtus, M. / Grodecka, M. / Scholl, D. / Garcia-Pino, A. / Laeremans, T. / He, L. / Pardon, E. / Hildebrandt, E. / Urbatsch, I. ...Sigoillot, M. / Overtus, M. / Grodecka, M. / Scholl, D. / Garcia-Pino, A. / Laeremans, T. / He, L. / Pardon, E. / Hildebrandt, E. / Urbatsch, I. / Steyaert, J. / Riordan, J.R. / Govaerts, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Domain-interface dynamics of CFTR revealed by stabilizing nanobodies.
著者: Sigoillot, M. / Overtus, M. / Grodecka, M. / Scholl, D. / Garcia-Pino, A. / Laeremans, T. / He, L. / Pardon, E. / Hildebrandt, E. / Urbatsch, I. / Steyaert, J. / Riordan, J.R. / Govaerts, C.
履歴
登録2018年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Nanobody D12
C: Nanobody G3a
F: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
G: Nanobody D12
H: Nanobody G3a
I: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
J: Nanobody D12
K: Nanobody G3a
L: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
M: Nanobody D12
N: Nanobody G3a
O: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
P: Nanobody D12
Q: Nanobody G3a
R: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
S: Nanobody D12
T: Nanobody G3a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,28141
ポリマ－349,09918
非ポリマー5,18223
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41190 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area98410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.940, 146.830, 188.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
抗体 , 2種, 12分子 BGJMPSCHKNQT

#2: 抗体
Nanobody D12


分子量: 16273.939 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体
Nanobody G3a


分子量: 16383.900 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 AFILOR

#1: タンパク質
Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP- ...ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP-dependent chloride channel


分子量: 25525.408 Da / 分子数: 6 / 変異: del405-436 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFTR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q20BJ8, UniProt: P13569*PLUS, EC: 3.6.3.49
#4: 多糖
alpha-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / surcrose isoform


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: surcrose isoform
記述子タイププログラム
DFrufa2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2a_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 244分子

#5: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.992→34.43 Å / Num. obs: 65508 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 85.4 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rrim(I) all: 0.1761 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.992→3.099 Å / Rmerge(I) obs: 1.106 / CC1/2: 0.4 / Rrim(I) all: 1.268

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.99→34.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9154 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8908 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.371
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 3276 5 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
obs0.1927 65508 99.01 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.5218 Å20 Å20 Å2
2--15.873 Å20 Å2
3----5.3513 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.413 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.99→34.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20360 0 323 234 20917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00921087HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0928688HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6936SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes398HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3254HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it21087HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd9SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2880SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23073SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3525 214 5.02 %
Rwork0.3206 4052 -
all0.2531 4266 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2012-0.5462-0.25720.2760.22120.03040.00670.020.0279-0.01160.0045-0.05850.0161-0.0048-0.0112-0.0540.05060.08840.0135-0.00420.051-14.7222-12.36942.5713
20.64381.2105-0.3971.9339-0.9180.62540.004-0.00360.009-0.05010.0193-0.01950.06060.0014-0.0233-0.05550.0363-0.0284-0.0503-0.11650.0839-25.6191-36.706845.8776
31.2585-0.0534-0.16620.71540.09570.5080.01420.0542-0.0263-0.01360.0034-0.0005-0.0433-0.0449-0.01760.02480.0614-0.04030.0150.0256-0.0268-52.0256-1.199332.5708
40.1427-0.17480.15650.11410.01820.0079-0.0077-0.0008-0.01230.03340.0422-0.0347-0.008-0.0079-0.0344-0.01180.00620.0186-0.0079-0.00570.0095-36.941-2.266666.3504
50.03350.3606-0.75360.29010.84872.3085-0.01040.08410.06230.09120.0224-0.02960.04040.0207-0.0120.10760.1104-0.0025-0.0249-0.0794-0.1007-59.39468.202790.3321
60.74960.134-1.22352.54060.86540.49260.00440.01170.06180.01610.00390.0061-0.0019-0.0047-0.00820.11240.06570.079-0.0794-0.1167-0.033-51.019732.557684.6293
71.18880.52310.64451.4307-0.66981.1195-0.0068-0.00540.0106-0.0342-0.00220.0449-0.00080.00190.0090.0030.0225-0.0794-0.02640.02250.0191-70.21486.892551.7085
82.93870.048-0.31760.29510.34240-0.0021-0.02470.01180.04140.00480.0583-0.04380.0317-0.00270.00130.00280.0040.01910.0393-0.0101-67.4137-16.33770.9043
90.65260.8826-0.18690.8573-0.38461.28980.00030.03820.0148-0.0210.05520.03330.010.0051-0.0555-0.0186-0.0483-0.1003-0.03660.00680.0545-66.8212-21.566245.3221
101.0244-0.14680.05370.8995-0.52730.77650.0055-0.026-0.08070.0134-0.0093-0.0183-0.00820.01040.0037-0.02230.0732-0.1406-0.05-0.03290.0733-34.2605-38.375572.2071
110.45280.4867-0.94270.5450.15942.29940.0037-0.02670.0639-0.05010.0648-0.0330.0139-0.0158-0.06840.0054-0.040.05710.01250.022-0.0644-29.209416.000638.8482
121.7677-0.64220.22172.12280.05760.05130.01790.0140.041-0.0438-0.0460.03740.03820.00820.02810.05010.0834-0.0221-0.05750.1087-0.0275-53.860626.239241.8653
131.31970.18220.76030.7090.46711.6482-0.0029-0.01930.01430.0032-0.0064-0.0277-0.0287-0.01480.00940.0449-0.0508-0.09070.0005-0.1333-0.0522-24.767431.837475.9157
141.23291.2194-0.26281.5488-0.60890.06750.00110.06150.04940.0017-0.0106-0.03360.06250.04290.0095-0.077-0.04410.01580.0333-0.02390.0387-6.544112.465761.2754
151.03470.47560.66200.29731.61830.0012-0.0350.00480.0060.0013-0.01880.01080.0299-0.00240.0058-0.1091-0.08850.0284-0.0371-0.0234-4.869514.090187.4286
160.95990.14490.65151.419-0.15470.35420.01180.0166-0.0220.0587-0.0104-0.02480.01610.0048-0.0014-0.00290.0585-0.1007-0.0606-0.01960.0808-9.1732-27.462268.1248
170.35620.5046-0.75221.8803-0.58380.6030.0074-0.06460.02290.0238-0.0020.020.0109-0.0285-0.00550.0761-0.017-0.0510.00190.1077-0.0967-44.708-20.681493.4447
180.9582-0.3671.53920.0949-1.68850.69150.0033-0.0298-0.009-0.00690.015-0.00380.02780.028-0.01830.02410.013-0.1918-0.02930.1062-0.0049-18.655-27.010593.8701
190.33050.8618-0.25011.5220.26721.13950.003-0.00050.01930.0121-0.0104-0.0486-0.0308-0.02010.00750.0953-0.0712-0.0951-0.0621-0.0625-0.0507-30.790116.681797.7488
200.0091-0.28520.03520.04050.535200.0002-0.00010.0036-0.00990.00130.00160.00860.0015-0.00150.00530.0026-0.0046-0.00110.0005-0.0007-40.4364-7.071370.0148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ F|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ G|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ H|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ I|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ J|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ K|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ L|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ M|* }
13X-RAY DIFFRACTION13{ N|* }
14X-RAY DIFFRACTION14{ O|* }
15X-RAY DIFFRACTION15{ P|* }
16X-RAY DIFFRACTION16{ Q|* }
17X-RAY DIFFRACTION17{ R|* }
18X-RAY DIFFRACTION18{ S|* }
19X-RAY DIFFRACTION19{ T|* }
20X-RAY DIFFRACTION20{ V|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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