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- PDB-6gjw: Structure of XIAP-BIR1 domain in complex with an NF023 analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gjw
タイトルStructure of XIAP-BIR1 domain in complex with an NF023 analog
要素E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
キーワードAPOPTOSIS / BIR / NF-KB / XIAP / CANCER / DOCKING / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase regulator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response ...endopeptidase regulator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of innate immune response / positive regulation of type I interferon production / protein K63-linked ubiquitination / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / : / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of JNK cascade / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / neuron apoptotic process / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F2H / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sorrentino, L. / Cossu, F. / Malkoc, B. / Zaffaroni, M. / Milani, M. / Mastrangelo, E.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer Research17083 イタリア
引用ジャーナル: Chemistryopen / 年: 2019
タイトル: Structure-Activity Relationship of NF023 Derivatives Binding to XIAP-BIR1.
著者: Sorrentino, L. / Cossu, F. / Milani, M. / Malkoc, B. / Huang, W.C. / Tsay, S.C. / Ru Hwu, J. / Mastrangelo, E.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
C: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
D: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,42610
ポリマ－49,4314
非ポリマー1,9956
水3,081171
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
D: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7135
ポリマ－24,7152
非ポリマー9983
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
C: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7135
ポリマ－24,7152
非ポリマー9983
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.500, 75.800, 70.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / hIAP3 / RING-type E3 ubiquitin transferase XIAP / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 12357.735 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P98170, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-F2H / 4-[[3-[[3-[(4,8-disulfonatonaphthalen-1-yl)carbamoyl]phenyl]carbamoylamino]phenyl]carbonylamino]naphthalene-1,5-disulfonate


分子量: 866.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H22N4O15S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.07 % / 解説: prismatic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 8% PEG 8000, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.968
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→33.33 Å / Num. all: 30098 / Num. obs: 114269 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.117 % / Biso Wilson estimate: 30.873 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 11.59 / Num. measured all: 115299 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.89-1.947.2230.662.98494117811760.8270.71199.8
1.94-1.997.3070.6922.788374114611460.8130.745100
1.99-2.057.2710.5053.798078111111110.8860.544100
2.05-2.117.30.4134.617920108510850.9080.445100
2.11-2.187.3230.335.67704105210520.960.355100
2.18-2.267.2260.2827.127399102510240.9530.30499.9
2.26-2.347.2870.2487.5871499829810.970.26899.9
2.34-2.447.2940.1869.6869669559550.980.2100
2.44-2.557.2580.14911.9565909089080.9880.161100
2.55-2.677.2390.13612.9163058718710.9850.147100
2.67-2.827.1950.12414.4660948478470.9880.134100
2.82-2.997.190.10517.3555297697690.9930.113100
2.99-3.197.0670.08919.1153717607600.9950.096100
3.19-3.456.9940.08420.6948967007000.9940.091100
3.45-3.786.9070.07822.245176546540.9960.084100
3.78-4.226.7310.06723.8640055955950.9930.072100
4.22-4.886.6570.06823.9634755225220.9960.074100
4.88-5.976.5110.06423.5729954604600.9980.069100
5.97-8.456.2140.06623.2922623653640.9940.07299.7
8.45-33.335.3450.06422.0611762232200.9950.0798.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OXC

4oxc


解像度: 1.9→33.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 0.007 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2889 1504 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.2415 28575 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.44 Å2 / Biso mean: 30.746 Å2 / Biso min: 12.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0 Å20.16 Å2
2--1.78 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→33.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 120 171 2759
Biso mean--36.92 34.64 -
残基数----312
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 110 -
Rwork0.401 2102 -
all-2212 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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