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- PDB-6gjf: Ancestral endocellulase Cel5A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gjf
タイトルAncestral endocellulase Cel5A
要素ENDOGLUCANASE
キーワードHYDROLASE / ancestral reconstructed / cellulase
機能・相同性Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Barruetabena-Garate, N.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-74875-P スペイン
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2019
タイトル: Resurrection of efficient Precambrian endoglucanases for lignocellulosic biomass hydrolysis
著者: Barruetabena-Garate, N. / Alonso-Lerma, B. / Galera-Prat, A. / Joudeh, N. / Barandiaran, L. / Aldazabal, L. / Arbulu, M. / Alcalde, M. / De Sancho, D. / Gavira, J.A. / Carrion-Vazquez, M. / Perez-Jimenez, R.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE
B: ENDOGLUCANASE
C: ENDOGLUCANASE
D: ENDOGLUCANASE
E: ENDOGLUCANASE
F: ENDOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,81640
ポリマ－201,7226
非ポリマー2,09434
水37,4172077
1
A: ENDOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,29711
ポリマ－33,6201
非ポリマー67710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENDOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9757
ポリマ－33,6201
非ポリマー3546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ENDOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8905
ポリマ－33,6201
非ポリマー2694
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ENDOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8205
ポリマ－33,6201
非ポリマー2004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: ENDOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0378
ポリマ－33,6201
非ポリマー4167
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: ENDOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7974
ポリマ－33,6201
非ポリマー1773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.436, 235.636, 74.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
ENDOGLUCANASE


分子量: 33620.301 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ancestral reconstructed / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: cellulase

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非ポリマー , 5種, 2111分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2077 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 30% w/v PEG 4K
PH範囲: 8.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→71.08 Å / Num. obs: 310126 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06782 / Rpim(I) all: 0.04339 / Rrim(I) all: 0.08074 / Net I/σ(I): 9.79
反射 シェル解像度: 1.45→1.502 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4738 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 30944 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.3056 / Rrim(I) all: 0.5655 / % possible all: 99.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3pzv

3pzv


解像度: 1.45→71.08 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 15.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1532 15359 4.95 %
Rwork0.118 --
obs0.1197 310076 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 32.57 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 19.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→71.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14226 0 131 2080 16437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815755
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01321531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9745854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.46650.24675520.18559855X-RAY DIFFRACTION99
1.4665-1.48370.24664960.17299732X-RAY DIFFRACTION99
1.4837-1.50180.21634950.15389808X-RAY DIFFRACTION99
1.5018-1.52080.2055410.15219811X-RAY DIFFRACTION99
1.5208-1.54090.22734860.15119801X-RAY DIFFRACTION99
1.5409-1.5620.2135280.14739727X-RAY DIFFRACTION99
1.562-1.58430.17815490.13539741X-RAY DIFFRACTION99
1.5843-1.60790.1875070.12779879X-RAY DIFFRACTION99
1.6079-1.63310.19584950.13039721X-RAY DIFFRACTION99
1.6331-1.65980.19045140.1269951X-RAY DIFFRACTION99
1.6598-1.68850.18434610.11869758X-RAY DIFFRACTION99
1.6885-1.71920.17265110.11519876X-RAY DIFFRACTION100
1.7192-1.75220.16985140.11399736X-RAY DIFFRACTION99
1.7522-1.7880.17094920.11539877X-RAY DIFFRACTION100
1.788-1.82690.17035510.1179845X-RAY DIFFRACTION100
1.8269-1.86940.16925000.11689788X-RAY DIFFRACTION100
1.8694-1.91610.16195340.10799868X-RAY DIFFRACTION99
1.9161-1.96790.15625190.10829710X-RAY DIFFRACTION99
1.9679-2.02590.1535440.10569825X-RAY DIFFRACTION100
2.0259-2.09130.14595190.10869795X-RAY DIFFRACTION100
2.0913-2.1660.14714670.10369923X-RAY DIFFRACTION100
2.166-2.25270.14435090.10689901X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.35530.15065450.10759763X-RAY DIFFRACTION100
2.3553-2.47940.13014970.19868X-RAY DIFFRACTION100
2.4794-2.63480.12854740.1039850X-RAY DIFFRACTION100
2.6348-2.83820.14254850.11189902X-RAY DIFFRACTION99
2.8382-3.12390.14675230.11699804X-RAY DIFFRACTION100
3.1239-3.57590.13535140.12339861X-RAY DIFFRACTION100
3.5759-4.50510.1265040.10969876X-RAY DIFFRACTION99
4.5051-71.16910.14845330.14079865X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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