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万見
- PDB-6gj1: The baseplate complex from the type VI secretion system -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gj1
タイトルThe baseplate complex from the type VI secretion system
要素
  • Putative type VI secretion protein
  • TssE
  • TssG
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Secretion / baseplate / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Type VI secretion system protein TssE1-like / Type VI secretion system TssF / Type VI secretion system, TssF / Type VI secretion, TssG-like / Type VI secretion, TssG / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25
類似検索 - ドメイン・相同性
IraD/Gp25-like domain-containing protein / Type VI secretion system baseplate subunit TssG / Type VI secretion system baseplate subunit TssF / Type VI secretion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Rapisarda, C. / Fronzes, R.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Biogenesis and structure of a type VI secretion baseplate.
著者: Yassine Cherrak / Chiara Rapisarda / Riccardo Pellarin / Guillaume Bouvier / Benjamin Bardiaux / Fabrice Allain / Christian Malosse / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Eric Cascales / Rémi ...著者: Yassine Cherrak / Chiara Rapisarda / Riccardo Pellarin / Guillaume Bouvier / Benjamin Bardiaux / Fabrice Allain / Christian Malosse / Martial Rey / Julia Chamot-Rooke / Eric Cascales / Rémi Fronzes / Eric Durand /
要旨: To support their growth in a competitive environment and cause pathogenesis, bacteria have evolved a broad repertoire of macromolecular machineries to deliver specific effectors and toxins. Among ...To support their growth in a competitive environment and cause pathogenesis, bacteria have evolved a broad repertoire of macromolecular machineries to deliver specific effectors and toxins. Among these multiprotein complexes, the type VI secretion system (T6SS) is a contractile nanomachine that targets both prokaryotic and eukaryotic cells. The T6SS comprises two functional subcomplexes: a bacteriophage-related tail structure anchored to the cell envelope by a membrane complex. As in other contractile injection systems, the tail is composed of an inner tube wrapped by a sheath and built on the baseplate. In the T6SS, the baseplate is not only the tail assembly platform, but also docks the tail to the membrane complex and hence serves as an evolutionary adaptor. Here we define the biogenesis pathway and report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the wedge protein complex of the T6SS from enteroaggregative Escherichia coli (EAEC). Using an integrative approach, we unveil the molecular architecture of the whole T6SS baseplate and its interaction with the tail sheath, offering detailed insights into its biogenesis and function. We discuss architectural and mechanistic similarities but also reveal key differences with the T4 phage and Mu phage baseplates.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.32018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative type VI secretion protein
B: Putative type VI secretion protein
C: TssG
D: TssE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,6514
ポリマ－190,6514
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Putative type VI secretion protein


分子量: 66557.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EC042_4542 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D3GUX3, UniProt: B7LFT7*PLUS
#2: タンパク質 TssG


分子量: 41216.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EC55989_3321 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7LFT6
#3: タンパク質 TssE


分子量: 16320.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EC55989_3319 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7LFT4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type VI secretion system baseplate complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4GctfCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32504 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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