- PDB-6gij: NMR structure of temporin B KKG6A in SDS micelles -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 6gij
タイトル
NMR structure of temporin B KKG6A in SDS micelles
要素
temporinB_KKG6A
キーワード
ANTIMICROBIAL PROTEIN / AMP / temporin B analogue / structural modification
機能・相同性
機能・相同性情報
other organism cell membrane / regulation of defense response to virus / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / lipid binding / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能
Frog antimicrobial peptide, propeptide / Frog skin active peptide family signal and propeptide 類似検索 - ドメイン・相同性
分子量: 1666.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The original peptide sequence is from Rana temporaria 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P79874*PLUS
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実験情報
-
実験
実験
手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
Sample state
Spectrometer-ID
タイプ
1
1
1
isotropic
1
2D 1H-1H TOCSY
1
2
1
isotropic
1
2D 1H-1H NOESY
-
試料調製
詳細
タイプ: micelle 内容: 100 mM U-98% 2H deuterated sodium dodecyl sulphate, 2 mM temporinB_KKG6A, 0.05 % w/w 2H 3-(trimethylsilyl)propionic-2,2,3,3-d4 acid, 90% H2O/10% D2O 詳細: Peptide was solubilised in a a solution of SDS micelles at a L/P ratio of 50 Label: TBK_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
100mM
deuteratedsodiumdodecylsulphate
U-98% 2H
1
2mM
temporinB_KKG6A
naturalabundance
1
0.05 % w/w
3-(trimethylsilyl)propionic-2,2,3,3-d4 acid
2H
1
試料状態
イオン強度: no salts Not defined / Label: TBK_conditions / pH: 7.00 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
DYNAMO
DelaglioandKuszewski
精密化
DYNAMO
DelaglioandKuszewski
structurecalculation
CARA
1.9.1.2
KellerandWuthrich
chemicalshiftassignment
TopSpin
BrukerBiospin
解析
NMRPipe
Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, PfeiferandBax
peakpicking
精密化
手法
ソフトェア番号
simulated annealing
1
distance geometry
2
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1