[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6gi7: Crystal structure of pentaerythritol tetranitrate reductase (PETN... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gi7 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of pentaerythritol tetranitrate reductase (PETNR) mutant L25I | ||||||||||||
Components | Pentaerythritol tetranitrate reductase | ||||||||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / Mutant L25I | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Enterobacter cloacae (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.3 Å | ||||||||||||
Authors | Levy, C.W. | ||||||||||||
Funding support | United Kingdom, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2018 Title: Nonequivalence of Second Sphere "Noncatalytic" Residues in Pentaerythritol Tetranitrate Reductase in Relation to Local Dynamics Linked to H-Transfer in Reactions with NADH and NADPH Coenzymes. Authors: Iorgu, A.I. / Baxter, N.J. / Cliff, M.J. / Levy, C. / Waltho, J.P. / Hay, S. / Scrutton, N.S. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gi7.cif.gz | 290.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6gi7.ent.gz | 194.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gi7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/6gi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/6gi7 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6gi8C 6gi9C 6giaC 2abaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 40640.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacter cloacae (bacteria) / Gene: onr / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P71278 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-FMN / |
#3: Chemical | ChemComp-ACT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.93 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 25 % (w/v) PEG 3000, 17 % (v/v) isopropanol, 0.1 M trisodium citrate, 0.1 M cacodylic acid (pH 6.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.92 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→48.5 Å / Num. obs: 89476 / % possible obs: 98.93 % / Redundancy: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 7.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 22.94 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.346 Å / Redundancy: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 9.68 / Num. unique obs: 8544 / CC1/2: 0.985 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.305 / % possible all: 95.65 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ABA Resolution: 1.3→48.5 Å / SU ML: 0.076 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 10.8712
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→48.5 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|