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- PDB-6ghv: Structure of a DC-SIGN CRD in complex with high affinity glycomimetic. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ghv
タイトルStructure of a DC-SIGN CRD in complex with high affinity glycomimetic.
要素CD209 antigen
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / DC-SIGN / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell adhesion / cell-cell recognition / intracellular transport of virus / peptide antigen transport / Butyrophilin (BTN) family interactions / positive regulation of viral life cycle / virion binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / regulation of T cell proliferation ...B cell adhesion / cell-cell recognition / intracellular transport of virus / peptide antigen transport / Butyrophilin (BTN) family interactions / positive regulation of viral life cycle / virion binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / regulation of T cell proliferation / RSV-host interactions / D-mannose binding / antigen processing and presentation / positive regulation of T cell proliferation / CD209 (DC-SIGN) signaling / viral genome replication / endocytosis / peptide antigen binding / host cell / virus receptor activity / carbohydrate binding / adaptive immune response / intracellular signal transduction / immune response / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / innate immune response / virion attachment to host cell / cell surface / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / Lectin C-type domain ...: / CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / Lectin C-type domain / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EZ8 / CD209 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Thepaut, M. / Achilli, S. / Medve, L. / Bernardi, A. / Fieschi, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European CommissionITN 642870 フランス
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2019
タイトル: Enhancing Potency and Selectivity of a DC-SIGN Glycomimetic Ligand by Fragment-Based Design: Structural Basis.
著者: Medve, L. / Achilli, S. / Guzman-Caldentey, J. / Thepaut, M. / Senaldi, L. / Le Roy, A. / Sattin, S. / Ebel, C. / Vives, C. / Martin-Santamaria, S. / Bernardi, A. / Fieschi, F.
履歴
登録2018年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD209 antigen
B: CD209 antigen
C: CD209 antigen
D: CD209 antigen
E: CD209 antigen
F: CD209 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,18744
ポリマ－106,4796
非ポリマー5,70738
水11,890660
1
A: CD209 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7218
ポリマ－17,7471
非ポリマー9757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CD209 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6867
ポリマ－17,7471
非ポリマー9396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CD209 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6867
ポリマ－17,7471
非ポリマー9396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CD209 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6867
ポリマ－17,7471
非ポリマー9396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: CD209 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7218
ポリマ－17,7471
非ポリマー9757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: CD209 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6867
ポリマ－17,7471
非ポリマー9396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.612, 57.507, 107.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
CD209 antigen / C-type lectin domain family 4 member L / Dendritic cell-specific ICAM-3-grabbing non-integrin 1 / DC-SIGN1


分子量: 17746.582 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD209, CLEC4L / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NNX6
#2: 化合物
ChemComp-EZ8 / [1-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5~{S})-2-(2-chloroethyloxy)-4,5-bis[[4-(hydroxymethyl)phenyl]methylcarbamoyl]cyclohexyl]oxy-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]-1,2,3-triazol-4-yl]methylazanium


分子量: 748.243 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H48ClN6O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 200mM Mg(NO3)2, 100mM MES pH6. Protein sample: 150mM NaCl, 4mM CaCl2, 25mM Tris pH8, 2% DMSO, 3.25 mM ligand and 5.54mg/mL protein.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 65455 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.087 % / Biso Wilson estimate: 34.771 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 8.47
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.22.8070.5452.0184270.7690.66897.9
2.2-2.43.1390.3973130280.8680.47898.7
2.4-2.93.2210.1986.14190530.9560.23899.3
2.9-3.53.0590.0911.54107210.9870.1198.5
3.5-4.52.8120.05616.7774460.9930.06997.2
4.5-63.3580.05418.9739090.9940.06598.1
6-83.3170.05618.6216490.9930.06697.1
8-113.2150.04422.177500.9970.05295.4
11-153.0840.03923.832870.9960.04795.7
15-202.9550.03624.521100.9960.04491.7
20-262.5650.04122.17460.9940.0593.9
26-352.30.04223.49200.9870.05687
35-451.6670.03320.1890.9950.04690
40-45

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.583
最高解像度最低解像度
Rotation92.67 Å3.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
XDS20180126データ削減
XSCALE20180126データスケーリング
MOLREP11.6.02位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K9I

1k9i


解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.856 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23357 3261 5 %RANDOM
Rwork0.17592 ---
obs0.17879 62185 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.681 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20 Å20.55 Å2
2---2.31 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6444 0 344 660 7448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.027139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.025793
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.9329737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1133.01913637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7585829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.87725.466386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.447151072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0491524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5383.2513214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5343.2493213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7274.8474017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7274.8494018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9013.4773925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9013.4763926
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3795.1045701
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.11437.3758791
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.05937.1598707
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 235 -
Rwork0.296 4508 -
obs--97.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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