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- PDB-6gh3: Paenibacillus sp. YM1 laminaribiose phosphorylase with alpha-man-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gh3
タイトルPaenibacillus sp. YM1 laminaribiose phosphorylase with alpha-man-1-phosphate bound
要素Laminaribiose phosphorylase
キーワードHYDROLASE / laminaribiose phosphorylase / Glycosyl hydrolase 94 / disaccharide synthesis / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


laminaribiose phosphorylase / laminaribiose phosphorylase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / Laminaribiose phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus sp. YM1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Kuhaudomlarp, S. / Walpole, S. / Stevenson, C.E.M. / Nepogodiev, S.A. / Lawson, D.M. / Angulo, J. / Field, R.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P010660/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilBB/M02903411 英国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019
タイトル: Unravelling the Specificity of Laminaribiose Phosphorylase from Paenibacillus sp. YM-1 towards Donor Substrates Glucose/Mannose 1-Phosphate by Using X-ray Crystallography and Saturation ...タイトル: Unravelling the Specificity of Laminaribiose Phosphorylase from Paenibacillus sp. YM-1 towards Donor Substrates Glucose/Mannose 1-Phosphate by Using X-ray Crystallography and Saturation Transfer Difference NMR Spectroscopy.
著者: Kuhaudomlarp, S. / Walpole, S. / Stevenson, C.E.M. / Nepogodiev, S.A. / Lawson, D.M. / Angulo, J. / Field, R.A.
履歴
登録2018年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laminaribiose phosphorylase
B: Laminaribiose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,27221
ポリマ－203,7352
非ポリマー1,53719
水12,520695
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, PISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area57940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.570, 146.570, 222.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 908 / Label seq-ID: 6 - 910

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Laminaribiose phosphorylase


分子量: 101867.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Two residues with sequence Gly-Pro are appended to the N-terminus which are left over after cleavage of the tag
由来: (組換発現) Paenibacillus sp. YM1 (バクテリア)
遺伝子: lbpA / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D7UT17, laminaribiose phosphorylase
#3: 糖 ChemComp-M1P / 1-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / ALPHA-D-MANNOSE 1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-mannose / 1-O-phosphono-D-mannose / 1-O-phosphono-mannose / α-D-マンノピラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Manp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 712分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Null

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→73.29 Å / Num. obs: 215182 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 1928822 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.82-1.859.21.992105800.4070.682.108100
9.97-73.297.60.03115250.9990.0110.03399.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6GGY

6ggy


解像度: 1.82→73.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 7.316 / SU ML: 0.106 / SU R Cruickshank DPI: 0.1152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.109
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2185 10878 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.1952 204179 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.1 Å2 / Biso mean: 39.822 Å2 / Biso min: 12.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→73.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13931 0 94 720 14745
Biso mean--42.36 34.39 -
残基数----1801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01914483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.94719659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.957329907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12551826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9923.319696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.523152226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.38215116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023228
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 59302 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 774 -
Rwork0.354 14972 -
all-15746 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.808-0.1386-0.37970.61680.30162.0049-0.23910.1556-0.18450.1466-0.06420.04730.7209-0.32520.30330.4306-0.19920.18980.1313-0.09060.094351.6251-1.478456.1618
22.0274-0.64460.53491.47530.53192.8685-0.08010.1954-0.01850.1949-0.4380.40810.4939-1.13160.51810.2754-0.35580.18890.7242-0.31180.204235.50014.214435.6959
34.25172.2207-0.51047.00420.27383.62120.1323-0.3827-0.24030.7943-0.2919-0.07050.0134-0.47690.15970.1097-0.03110.03440.7818-0.28720.268124.576420.946737.0917
42.08-0.0612-1.17374.62541.63822.82720.1859-0.07080.29260.3625-0.49260.4095-0.2356-0.82050.30670.18440.00460.03950.9715-0.3650.311917.250427.158738.8107
53.17710.36550.08511.04720.11391.51870.0929-0.01110.2055-0.0415-0.38830.4863-0.163-0.81930.29540.12450.1229-0.03120.9374-0.43820.331921.249828.774223.3246
60.6798-0.28680.2631.18680.15861.70480.05760.15030.0345-0.0928-0.43010.1947-0.0489-0.59980.37240.06060.0030.00690.5325-0.23170.125239.223319.366520.0258
71.5693-0.0910.1733.3541.6883.11940.00520.0768-0.165-0.0749-0.25080.6320.563-0.83980.24570.3723-0.40470.11920.9655-0.41870.345825.2083-6.231916.9398
86.01892.7221.028310.6032.65954.10310.0224-0.068-0.43070.45430.0894-0.80020.47190.3461-0.11180.13120.06010.01370.20910.02310.094480.82119.051669.456
90.91480.0723-0.14550.57660.21151.5683-0.06160.0768-0.03650.02840.0029-0.03670.12450.12810.05870.077-0.02220.02870.0981-0.0040.015273.513820.898946.7023
101.56340.95650.77682.61411.23514.5365-0.019-0.0350.26770.05530.009-0.0223-0.1460.31420.01010.1054-0.01510.01620.0732-0.01540.069371.259433.71468.5599
114.64350.4902-0.58282.2932-0.41522.24030.10240.51580.1795-0.16710.12720.117-0.2857-0.1667-0.22960.32140.05310.06220.08780.05690.082952.076249.449668.4781
121.3057-0.0654-0.59132.1476-0.80492.0160.18450.0720.2980.14890.05120.1489-0.5149-0.1942-0.23570.29560.04620.09740.0840.0150.089545.720546.479184.2041
131.08480.2129-0.8840.78810.3571.8126-0.0617-0.0873-0.01320.08230.04190.02380.03760.1090.01990.1406-0.00340.01560.04950.010.004160.84826.673279.6384
142.8565-0.32890.71442.6024-1.10212.649-0.0213-0.35660.52490.46670.0655-0.3021-0.72590.7549-0.04410.4239-0.1981-0.01470.4762-0.12640.203380.111847.519487.0368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 323
2X-RAY DIFFRACTION2A324 - 387
3X-RAY DIFFRACTION3A388 - 442
4X-RAY DIFFRACTION4A443 - 492
5X-RAY DIFFRACTION5A493 - 598
6X-RAY DIFFRACTION6A599 - 799
7X-RAY DIFFRACTION7A800 - 911
8X-RAY DIFFRACTION8B4 - 23
9X-RAY DIFFRACTION9B24 - 323
10X-RAY DIFFRACTION10B324 - 370
11X-RAY DIFFRACTION11B371 - 480
12X-RAY DIFFRACTION12B481 - 704
13X-RAY DIFFRACTION13B705 - 805
14X-RAY DIFFRACTION14B806 - 908

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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