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- PDB-6gg2: The structure of FsqB from Aspergillus fumigatus, a flavoenzyme o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gg2
タイトルThe structure of FsqB from Aspergillus fumigatus, a flavoenzyme of the amine oxidase family
要素Amino acid oxidase fmpA
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoenzyme / amine oxidase family
機能・相同性
機能・相同性情報


L-pipecolate oxidase activity / 酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / sarcosine oxidase activity / proline dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
MTOX family / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Amino acid oxidase fsqB
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Pavkov-Keller, T. / Lahham, M. / Macheroux, P. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Oxidative cyclization ofN-methyl-dopa by a fungal flavoenzyme of the amine oxidase family.
著者: Lahham, M. / Pavkov-Keller, T. / Fuchs, M. / Niederhauser, J. / Chalhoub, G. / Daniel, B. / Kroutil, W. / Gruber, K. / Macheroux, P.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid oxidase fmpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7772
ポリマ－54,9921
非ポリマー7861
水64936
1
A: Amino acid oxidase fmpA
ヘテロ分子

A: Amino acid oxidase fmpA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5554
ポリマ－109,9842
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area38170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.123, 90.123, 266.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Amino acid oxidase fmpA / Fumipyrrole biosynthesis protein A


分子量: 54991.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: fmpA, AFUA_6G03440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4WD43, 酸化還元酵素; CH-NH結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.26 M ammonium sulphate, 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M TrisHCL, pH 8.5 protein concentrations of 10, 20 and 30 mg mL-1 in 100 mM phosphate/NaOH pH 7.8 and 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45 Å / Num. obs: 20505 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 15.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0827 / Rpim(I) all: 0.0218 / Rrim(I) all: 0.0856 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7854 / Num. unique obs: 1862 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.2039 / Rrim(I) all: 0.8121 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DJE

3dje


解像度: 2.598→45.062 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 1022 5 %
Rwork0.2123 --
obs0.2138 20430 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.598→45.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3909 0 0 36 3945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8125466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8282367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5982-2.73520.30381370.25512585X-RAY DIFFRACTION95
2.7352-2.90650.33961430.26952730X-RAY DIFFRACTION100
2.9065-3.13090.35031440.28092731X-RAY DIFFRACTION100
3.1309-3.44580.37181450.25552752X-RAY DIFFRACTION100
3.4458-3.94420.241440.22362727X-RAY DIFFRACTION98
3.9442-4.96830.18991500.18032844X-RAY DIFFRACTION100
4.9683-45.06830.2041590.18843039X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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