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- PDB-6gft: Antinociceptive evaluation of cyriotoxin-1a, the first toxin puri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gft
タイトルAntinociceptive evaluation of cyriotoxin-1a, the first toxin purified from Cyriopagopus schioedtei spider venom
要素cyriotoxin-1a
キーワードTOXIN / Toxine / Spider Venom / Cyriopagopus schioedtei
機能・相同性Huwentoxin, conserved site-1 / Huwentoxin-1 family signature. / Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Mu-theraphotoxin-Os1a
機能・相同性情報
生物種Cyriopagopus schioedtei (クモ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Kurz, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency153114 フランス
引用ジャーナル: Br.J.Pharmacol. / 年: 2019
タイトル: From identification to functional characterization of cyriotoxin-1a, an antinociceptive toxin from the spider Cyriopagopus schioedtei.
著者: Goncalves, T.C. / Benoit, E. / Kurz, M. / Lucarain, L. / Fouconnier, S. / Combemale, S. / Jaquillard, L. / Schombert, B. / Chambard, J.M. / Boukaiba, R. / Hessler, G. / Bohme, A. / Bialy, L. ...著者: Goncalves, T.C. / Benoit, E. / Kurz, M. / Lucarain, L. / Fouconnier, S. / Combemale, S. / Jaquillard, L. / Schombert, B. / Chambard, J.M. / Boukaiba, R. / Hessler, G. / Bohme, A. / Bialy, L. / Hourcade, S. / Beroud, R. / De Waard, M. / Servent, D. / Partiseti, M.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cyriotoxin-1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5931
ポリマ－3,5931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area110 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2600 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cyriotoxin-1a


分子量: 3593.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyriopagopus schioedtei (クモ) / 参照: UniProt: A0A4V8GZX0*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D DQF-COSY
131isotropic12D NOESY
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic22D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 6 mg/mL unlabeled cyriotoxin-1a, 90% H2O/10% D2O / Label: 1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 6 mg/mL / 構成要素: cyriotoxin-1a / Isotopic labeling: unlabeled
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: 1 / pH: 5 / 圧: 1 bar / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospinchemical shift assignment
SYBYL2.1.1Triposstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2 / 詳細: SYBYL2.1.1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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