PDB-6gfe: High-resolution Structure of a therapeutic full-length anti-NPRA ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gfe

タイトル

High-resolution Structure of a therapeutic full-length anti-NPRA Antibody with exceptional Conformational Diversity

要素

(Immunoglobulin gamma-4 ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Antibody / natriuretic peptide receptor A

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hoerer, S.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2019
タイトル: Structure of a Therapeutic Full-Length Anti-NPRA IgG4 Antibody: Dissecting Conformational Diversity.
著者: Blech, M. / Horer, S. / Kuhn, A.B. / Kube, S. / Goddeke, H. / Kiefer, H. / Zang, Y. / Alber, Y. / Kast, S.M. / Westermann, M. / Tully, M.D. / Schafer, L.V. / Garidel, P.

履歴

登録	2018年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gfe.cif.gz	304.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gfe.ent.gz	244.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gfe_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gfe_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6gfe_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	6gfe_validation.cif.gz	88.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/6gfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/6gfe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6uo9-d 1f33-1 3ksc-d 5fj5-d 1ygu-d 4x0u-d 2xdf-d 20822 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Immunoglobulin gamma-4 heavy chain

K: Immunoglobulin gamma-4 heavy chain

L: Immunoglobulin gamma-4 light chain

M: Immunoglobulin gamma-4 light chain

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.780, 160.510, 87.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
抗体 , 2種, 4分子 HKLM

#1: 抗体	Immunoglobulin gamma-4 heavy chain 分子量: 49883.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Immunoglobulin gamma-4 light chain 分子量: 23360.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 1291分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5 % PEG 8000, 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→56.967 Å / Num. obs: 155361 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.04545 / R_rim(I) all: 0.05414 / Net I/σ(I): 16.64
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 15552 / % possible all: 99.81

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	(VERSION January 19	データ削減
SCALA		データスケーリング
BUSTER	2.11.5	精密化
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9468 / SU R Cruickshank DPI: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.11 / SU R_free Blow DPI: 0.1 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.099

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2002	7796	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1809	-	-	-
obs	0.1819	155361	99.52 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.2585 Å²	0 Å²	-2.0604 Å²
2-	-	-4.6204 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.362 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.205 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10170	0	1471	1287	12928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	10659	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	14594	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3615	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		239	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1543	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10659	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		2	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.46
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.95
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1435	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		30	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12624	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2321	604	5.25 %
R_work	0.2141	10907	-
all	0.215	11511	-
obs	-	-	99.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3902	-0.2517	-0.2434	0	-0.0679	0.0216	-0.0057	0.022	-0.0223	-0.0153	0.0078	0.0549	0.0209	-0.0244	-0.0021	0.0106	0.046	-0.0347	0.0442	0.0584	-0.0113	-21.7295	30.7499	56.7685
2	0.0595	0.4933	0.1569	0.1223	0.2775	0.1102	0.0048	-0.0069	-0.0229	0.0234	0.0119	0.0804	0.0378	-0.0155	-0.0167	-0.0174	-0.0395	-0.0236	0.016	0.0192	0.0577	-19.6046	116.985	98.3668
3	0.3589	-0.6299	-0.1992	0.1209	0.0577	0.1719	-0.0012	-0.0198	0.0274	-0.0005	-0.004	0.0155	-0.0197	0.0183	0.0052	0.0044	0.0086	-0.0087	0.0151	0.0326	-0.0119	-19.3092	58.0752	72.2126
4	0.4734	1.0003	-0.3233	0.1661	-0.3247	2.186	0.018	-0.013	-0.0409	-0.0109	-0.015	0.0234	-0.0058	0.0557	-0.003	-0.0022	-0.0538	-0.0029	0.0528	0.0162	-0.0195	-7.316	106.064	77.5861
5	-0.0279	-0.9078	0.1541	0.8548	-0.646	0.1515	0.0013	-0.0081	0.0066	0.013	-0.0089	-0.011	-0.0041	-0.0001	0.0076	0.008	0.0161	0.0118	0.0033	0.0143	0.0079	-13.7473	70.4714	21.0648
6	1.636	0.6898	-0.799	0.1115	0.0018	0.5513	-0.005	-0.0161	0.0132	-0.0008	-0.0071	0.006	-0.0016	-0.022	0.0121	0.0083	0.0109	0.0208	0.0034	-0.0221	0.0378	-1.0433	64.6169	38.7724
7	0.1226	-0.4896	-0.4871	0	-0.0448	1.7188	0.003	0.0174	-0.0063	-0.0007	0.0021	-0.0014	-0.0082	0.0044	-0.0051	0.0252	0.0149	0.0122	-0.0166	0.0213	-0.0147	-3.2315	50.2902	2.3244
8	0.448	-0.025	0.0715	1.9349	-0.873	0.1085	0.0116	-0.0167	-0.0263	-0.0181	-0.0068	-0.0078	0.005	-0.0027	-0.0048	0.0534	-0.0063	-0.0211	0.0141	-0.0038	-0.0729	10.1936	40.5831	26.131
9	0.3047	0.565	-0.0622	0.0727	-0.2899	0.1214	0.011	0.0053	-0.0536	0.0075	0.0111	-0.0171	0.0354	0.0518	-0.0222	-0.007	-0.0233	-0.0162	0.0527	0.0305	0.0026	-4.1821	38.9959	43.5631
10	0.3592	-0.0042	-0.142	0.3032	-0.681	0.1062	-0.0191	-0.0131	0.0175	0.0092	-0.0205	-0.0301	0.0007	0.0352	0.0396	0.0046	0.0418	0.0232	-0.0047	0.0411	0.0447	-6.0678	101.61	111.4369
11	0.5106	0.4597	-0.2828	0.6131	-0.2836	-0.1347	-0.0078	-0.0356	0.0269	0.0183	0.0016	-0.0005	-0.008	-0.0077	0.0062	0.0046	-0.0044	0.0277	0.0164	0.0123	0.0131	-14.7658	66.85	58.9656
12	-0.6461	-0.6154	0.7298	1.8612	0.8231	0.6567	-0.003	0.0659	0.006	0.0137	-0.0014	0.0191	0.0029	0.0104	0.0043	0.0571	0.0188	-0.0069	-0.0334	-0.0189	-0.0329	-8.3069	86.6412	81.6866

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ H\|1 H\|118 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ K\|1 K\|118 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ H\|119 H\|218 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ K\|119 K\|217 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ H\|237 H\|341 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ K\|237 K\|341 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ H\|342 H\|444 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ K\|342 K\|444 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ L\|1 L\|110 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ M\|1 M\|110 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ L\|111 L\|214 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ M\|111 M\|214 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)