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万見
- PDB-6gfe: High-resolution Structure of a therapeutic full-length anti-NPRA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gfe
タイトルHigh-resolution Structure of a therapeutic full-length anti-NPRA Antibody with exceptional Conformational Diversity
要素(Immunoglobulin gamma-4 ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / Antibody / natriuretic peptide receptor A
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hoerer, S.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2019
タイトル: Structure of a Therapeutic Full-Length Anti-NPRA IgG4 Antibody: Dissecting Conformational Diversity.
著者: Blech, M. / Horer, S. / Kuhn, A.B. / Kube, S. / Goddeke, H. / Kiefer, H. / Zang, Y. / Alber, Y. / Kast, S.M. / Westermann, M. / Tully, M.D. / Schafer, L.V. / Garidel, P.
履歴
登録2018年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Immunoglobulin gamma-4 heavy chain
K: Immunoglobulin gamma-4 heavy chain
L: Immunoglobulin gamma-4 light chain
M: Immunoglobulin gamma-4 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,26711
ポリマ－146,4894
非ポリマー2,7787
水23,1671286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16420 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area59840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.780, 160.510, 87.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HKLM

#1: 抗体 Immunoglobulin gamma-4 heavy chain


分子量: 49883.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Immunoglobulin gamma-4 light chain


分子量: 23360.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 1291分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5 % PEG 8000, 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→56.967 Å / Num. obs: 155361 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04545 / Rrim(I) all: 0.05414 / Net I/σ(I): 16.64
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 15552 / % possible all: 99.81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS(VERSION January 19データ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9468 / SU R Cruickshank DPI: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.11 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.099
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 7796 5.02 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
obs0.1819 155361 99.52 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2585 Å20 Å2-2.0604 Å2
2---4.6204 Å20 Å2
3---1.362 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.205 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10170 0 1471 1287 12928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00810659HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0114594HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3615SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes239HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1543HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10659HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1435SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies30HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12624SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 604 5.25 %
Rwork0.2141 10907 -
all0.215 11511 -
obs--99.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3902-0.2517-0.24340-0.06790.0216-0.00570.022-0.0223-0.01530.00780.05490.0209-0.0244-0.00210.01060.046-0.03470.04420.0584-0.0113-21.729530.749956.7685
20.05950.49330.15690.12230.27750.11020.0048-0.0069-0.02290.02340.01190.08040.0378-0.0155-0.0167-0.0174-0.0395-0.02360.0160.01920.0577-19.6046116.98598.3668
30.3589-0.6299-0.19920.12090.05770.1719-0.0012-0.01980.0274-0.0005-0.0040.0155-0.01970.01830.00520.00440.0086-0.00870.01510.0326-0.0119-19.309258.075272.2126
40.47341.0003-0.32330.1661-0.32472.1860.018-0.013-0.0409-0.0109-0.0150.0234-0.00580.0557-0.003-0.0022-0.0538-0.00290.05280.0162-0.0195-7.316106.06477.5861
5-0.0279-0.90780.15410.8548-0.6460.15150.0013-0.00810.00660.013-0.0089-0.011-0.0041-0.00010.00760.0080.01610.01180.00330.01430.0079-13.747370.471421.0648
61.6360.6898-0.7990.11150.00180.5513-0.005-0.01610.0132-0.0008-0.00710.006-0.0016-0.0220.01210.00830.01090.02080.0034-0.02210.0378-1.043364.616938.7724
70.1226-0.4896-0.48710-0.04481.71880.0030.0174-0.0063-0.00070.0021-0.0014-0.00820.0044-0.00510.02520.01490.0122-0.01660.0213-0.0147-3.231550.29022.3244
80.448-0.0250.07151.9349-0.8730.10850.0116-0.0167-0.0263-0.0181-0.0068-0.00780.005-0.0027-0.00480.0534-0.0063-0.02110.0141-0.0038-0.072910.193640.583126.131
90.30470.565-0.06220.0727-0.28990.12140.0110.0053-0.05360.00750.0111-0.01710.03540.0518-0.0222-0.007-0.0233-0.01620.05270.03050.0026-4.182138.995943.5631
100.3592-0.0042-0.1420.3032-0.6810.1062-0.0191-0.01310.01750.0092-0.0205-0.03010.00070.03520.03960.00460.04180.0232-0.00470.04110.0447-6.0678101.61111.4369
110.51060.4597-0.28280.6131-0.2836-0.1347-0.0078-0.03560.02690.01830.0016-0.0005-0.008-0.00770.00620.0046-0.00440.02770.01640.01230.0131-14.765866.8558.9656
12-0.6461-0.61540.72981.86120.82310.6567-0.0030.06590.0060.0137-0.00140.01910.00290.01040.00430.05710.0188-0.0069-0.0334-0.0189-0.0329-8.306986.641281.6866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 H|118 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ K|1 K|118 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|119 H|218 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ K|119 K|217 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ H|237 H|341 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ K|237 K|341 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ H|342 H|444 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ K|342 K|444 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ L|1 L|110 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ M|1 M|110 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ L|111 L|214 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ M|111 M|214 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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