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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6geu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C230A mutant of human IBA57 | ||||||
![]() | Putative transferase CAF17, mitochondrial | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Mitochondrial protein / Fe-S protein biogenesis / infantile leukodystrophy | ||||||
機能・相同性 | ![]() 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの / iron-sulfur cluster assembly / heme biosynthetic process / transferase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Calderone, V. / Ciofi-Baffoni, S. / Gourdoupis, S. / Banci, L. / Nasta, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: IBA57 Recruits ISCA2 to Form a [2Fe-2S] Cluster-Mediated Complex. 著者: Gourdoupis, S. / Nasta, V. / Calderone, V. / Ciofi-Baffoni, S. / Banci, L. #1: ![]() タイトル: In-house high energy remote SAD-phasing using the magic triangle: how to tackle the P1 low symmetry using multiple orientations on the same human IBA57 crystal to increase multiplicity. 著者: Gourdoupis, S. / Nasta, V. / Calderone, V. / Cofi-Baffoni, S. / Banci, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 418.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6esr S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33767.781 Da / 分子数: 1 / 変異: C230A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The electron density is very weak or not present at all for the following residues which have been modelled automatically: 54-59, 88-92, 117, 139-143, 174-176, 299-300, 307-311, 325-327. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5T440, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.973 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→35.69 Å / Num. obs: 49014 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 7712 / % possible all: 87.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ESR ![]() 6esr 解像度: 1.55→35.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.422 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.846 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.55→35.69 Å
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拘束条件 |
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