+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gel | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The structure of TWITCH-2B | ||||||
Components | Green fluorescent protein,Optimized Ratiometric Calcium Sensor,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein | ||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / Twitch-2B / FRET / Ratiometric Biosensor | ||||||
Function / homology | Function and homology information myosin II complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium ion binding / extracellular space / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aequorea victoria (jellyfish) Opsanus tau (oyster toadfish) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.51 Å | ||||||
Authors | Trigo Mourino, P. / Paulat, M. / Thestrup, T. / Griesbeck, O. / Griesinger, C. / Becker, S. | ||||||
Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2019 Title: Dynamic tuning of FRET in a green fluorescent protein biosensor. Authors: Trigo-Mourino, P. / Thestrup, T. / Griesbeck, O. / Griesinger, C. / Becker, S. #1: Journal: Nat. Methods / Year: 2014 Title: Optimized ratiometric calcium sensors for functional in vivo imaging of neurons and T lymphocytes. Authors: Thestrup, T. / Litzlbauer, J. / Bartholomaus, I. / Mues, M. / Russo, L. / Dana, H. / Kovalchuk, Y. / Liang, Y. / Kalamakis, G. / Laukat, Y. / Becker, S. / Witte, G. / Geiger, A. / Allen, T. ...Authors: Thestrup, T. / Litzlbauer, J. / Bartholomaus, I. / Mues, M. / Russo, L. / Dana, H. / Kovalchuk, Y. / Liang, Y. / Kalamakis, G. / Laukat, Y. / Becker, S. / Witte, G. / Geiger, A. / Allen, T. / Rome, L.C. / Chen, T.W. / Kim, D.S. / Garaschuk, O. / Griesinger, C. / Griesbeck, O. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gel.cif.gz | 439.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6gel.ent.gz | 377.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gel.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6gel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6gel | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6gezC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 62449.891 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aequorea victoria (jellyfish), (gene. exp.) Opsanus tau (oyster toadfish) Gene: GFP / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P42212, UniProt: W5IDB2 |
---|
-Non-polymers , 5 types, 127 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.13 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: 0.2 M sodium formiate, 5 mM calcium chloride, 18 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 24, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.51→47.93 Å / Num. obs: 50452 / % possible obs: 98.69 % / Redundancy: 6.62 % / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 24.16 |
Reflection shell | Resolution: 2.51→2.61 Å / Redundancy: 6.31 % / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Rrim(I) all: 0.241 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.51→47.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 18.248 / SU ML: 0.196 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.255 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 131.61 Å2 / Biso mean: 62.652 Å2 / Biso min: 23.29 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.51→47.93 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.51→2.575 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|