[日本語] English
万見
- PDB-6geh: Structure and reactivity of a siderophore-interacting protein fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6geh
タイトルStructure and reactivity of a siderophore-interacting protein from the marine bacterium Shewanella reveals unanticipated functional versatility.
要素FAD-binding 9, siderophore-interacting domain protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Flavin binding / NAD(P)H binding / rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


ferric-chelate reductase (NADPH) activity / cellular response to iron ion starvation / iron import into cell / siderophore transport / FAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting protein, C-terminal domain / FAD-binding 9, siderophore-interacting / Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting FAD-binding domain / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. ...Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting protein, C-terminal domain / FAD-binding 9, siderophore-interacting / Siderophore-interacting protein / Siderophore-interacting FAD-binding domain / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / FAD-binding 9, siderophore-interacting domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella frigidimarina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Trindade, I.B. / Silva, J.P.M. / Matias, P. / Moe, E.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Other governmentxx ポルトガル
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure and reactivity of a siderophore-interacting protein from the marine bacteriumShewanellareveals unanticipated functional versatility.
著者: Trindade, I.B. / Silva, J.M. / Fonseca, B.M. / Catarino, T. / Fujita, M. / Matias, P.M. / Moe, E. / Louro, R.O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: A putative siderophore-interacting protein from the marine bacterium Shewanella frigidimarina NCIMB 400: cloning, expression, purification, crystallization and X-ray diffraction analysis.
著者: Trindade, I.B. / Fonseca, B.M. / Matias, P.M. / Louro, R.O. / Moe, E.
履歴
登録2018年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FAD-binding 9, siderophore-interacting domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,36136
ポリマ－28,5081
非ポリマー1,85335
水7,764431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-269 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.098, 77.753, 44.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FAD-binding 9, siderophore-interacting domain protein


分子量: 28507.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella frigidimarina (strain NCIMB 400) (バクテリア)
株: NCIMB 400 / 遺伝子: Sfri_2392 / プラスミド: pETBlue-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Tuner pLacI / 参照: UniProt: Q080S8

-
非ポリマー , 7種, 466分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, Magnesium formate dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→28.62 Å / Num. obs: 86403 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YHB

4yhb


解像度: 1.15→28.62 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 17.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1735 4242 4.91 %
Rwork0.1449 --
obs0.1463 86396 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→28.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2064 0 52 431 2547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3843344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.926929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.16310.26761420.23672308X-RAY DIFFRACTION85
1.1631-1.17680.2621240.21912575X-RAY DIFFRACTION93
1.1768-1.19110.23881310.21572686X-RAY DIFFRACTION97
1.1911-1.20620.22731390.20212708X-RAY DIFFRACTION99
1.2062-1.22210.23521310.19492775X-RAY DIFFRACTION99
1.2221-1.23880.22431420.18662762X-RAY DIFFRACTION100
1.2388-1.25650.20391340.18612738X-RAY DIFFRACTION100
1.2565-1.27530.19381610.17722746X-RAY DIFFRACTION100
1.2753-1.29520.19831250.17332770X-RAY DIFFRACTION100
1.2952-1.31640.25811370.17172767X-RAY DIFFRACTION100
1.3164-1.33910.20591420.16572728X-RAY DIFFRACTION100
1.3391-1.36350.19411560.15782776X-RAY DIFFRACTION100
1.3635-1.38970.18271660.15432707X-RAY DIFFRACTION100
1.3897-1.41810.17371350.14922784X-RAY DIFFRACTION100
1.4181-1.44890.19671320.14782760X-RAY DIFFRACTION100
1.4489-1.48260.18021470.14762738X-RAY DIFFRACTION100
1.4826-1.51970.1671280.13932805X-RAY DIFFRACTION100
1.5197-1.56080.16781180.13032749X-RAY DIFFRACTION100
1.5608-1.60670.16661320.12992816X-RAY DIFFRACTION100
1.6067-1.65850.16121480.13192773X-RAY DIFFRACTION100
1.6585-1.71780.14021130.13352757X-RAY DIFFRACTION100
1.7178-1.78660.17621550.13682738X-RAY DIFFRACTION100
1.7866-1.86790.16921550.13592759X-RAY DIFFRACTION100
1.8679-1.96630.15631770.13832719X-RAY DIFFRACTION100
1.9663-2.08950.15151610.13612774X-RAY DIFFRACTION100
2.0895-2.25080.16911290.13872794X-RAY DIFFRACTION100
2.2508-2.47710.17751360.13482777X-RAY DIFFRACTION100
2.4771-2.83530.17981370.1482786X-RAY DIFFRACTION100
2.8353-3.57110.16971340.13712782X-RAY DIFFRACTION100
3.5711-28.620.15851750.13692797X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る