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- PDB-6gdy: Crystal structure of 2OG oxygenase JMJD6 (aa 1-343) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gdy
タイトルCrystal structure of 2OG oxygenase JMJD6 (aa 1-343) in complex with Fe(II) and 2OG
要素Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bi-functional 2OG oxygenase / lysyl hydroxylase / arginine demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine / histone H3R2 demethylase activity / peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity / histone H4R3 demethylase activity / protein demethylase activity / recognition of apoptotic cell / negative regulation of protein homooligomerization / oxidative RNA demethylation / oxidative RNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む ...peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine / histone H3R2 demethylase activity / peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity / histone H4R3 demethylase activity / protein demethylase activity / recognition of apoptotic cell / negative regulation of protein homooligomerization / oxidative RNA demethylation / oxidative RNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / macrophage activation / non-membrane-bounded organelle assembly / transcription regulator activator activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / sprouting angiogenesis / Protein hydroxylation / P-TEFb complex binding / histone demethylase activity / erythrocyte development / phagocytosis / RNA splicing / kidney development / lung development / protein homooligomerization / HDMs demethylate histones / mRNA processing / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / heart development / T cell differentiation in thymus / single-stranded RNA binding / cell surface receptor signaling pathway / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / iron ion binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #270 / Monooxygenase / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich ...Monooxygenase - #270 / Monooxygenase / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / PHOSPHATE ION / Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Islam, M.S. / Schofield, C.J. / McDonough, M.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Biochemical and structural investigations clarify the substrate selectivity of the 2-oxoglutarate oxygenase JMJD6.
著者: Islam, M.S. / McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Gault, J. / Khan, A. / Pires, E. / Schofield, C.J.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
B: Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,61722
ポリマ－80,4872
非ポリマー2,12920
水8,197455
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6840 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.150, 96.990, 93.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6 / Histone arginine demethylase JMJD6 / JmjC domain-containing protein 6 / Jumonji domain-containing ...Histone arginine demethylase JMJD6 / JmjC domain-containing protein 6 / Jumonji domain-containing protein 6 / Lysyl-hydroxylase JMJD6 / Peptide-lysine 5-dioxygenase JMJD6 / Phosphatidylserine receptor / Protein PTDSR


分子量: 40243.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD6, KIAA0585, PTDSR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6NYC1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6NYC1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 7種, 475分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % / 解説: P1 21 1
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1M HEPES pH 7.8, 0.7M NaH2PO4, 0.9M KH2PO4, 3% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.07206 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07206 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→42.227 Å / Num. obs: 53266 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 32.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.04→9.12 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.297 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3866 / CC1/2: 0.569 / Rpim(I) all: 0.59 / Rrim(I) all: 1.532 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2906: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 2.04→42.227 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 2580 4.85 %
Rwork0.1795 --
obs0.1812 53217 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→42.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5384 0 121 455 5960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5837738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6513355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003986
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.07930.36561430.29162766X-RAY DIFFRACTION99
2.0793-2.12170.28761450.26912812X-RAY DIFFRACTION99
2.1217-2.16790.28671270.2552783X-RAY DIFFRACTION99
2.1679-2.21830.25871360.24112817X-RAY DIFFRACTION100
2.2183-2.27380.29891500.23612779X-RAY DIFFRACTION100
2.2738-2.33520.28251300.22952838X-RAY DIFFRACTION100
2.3352-2.40390.26291730.2092779X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.48150.21831400.212831X-RAY DIFFRACTION100
2.4815-2.57020.25531480.20342777X-RAY DIFFRACTION100
2.5702-2.67310.22721200.20382826X-RAY DIFFRACTION100
2.6731-2.79470.23891580.19592837X-RAY DIFFRACTION100
2.7947-2.9420.20361430.18352833X-RAY DIFFRACTION100
2.942-3.12630.22131370.17772803X-RAY DIFFRACTION100
3.1263-3.36760.21451690.16852832X-RAY DIFFRACTION100
3.3676-3.70630.19131440.14842797X-RAY DIFFRACTION100
3.7063-4.24220.19681440.13182830X-RAY DIFFRACTION100
4.2422-5.3430.151330.13062832X-RAY DIFFRACTION99
5.343-42.23560.19881400.1922865X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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