ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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xia2 | 0.5.474-gb1e580cd-dials-1.8 | データ削減 | Aimless | 0.5.32データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | REFMAC | refmac_5.8.0222精密化 | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6DGH 解像度: 3→45.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / Matrix type: sparse / SU B: 22.957 / SU ML: 0.422 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.479 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.279 | 283 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2343 | - | - | - |
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obs | 0.2366 | 5446 | 99.08 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 120 Å2 / Biso mean: 68.308 Å2 / Biso min: 20.18 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.58 Å2 | -0 Å2 | 0.7 Å2 |
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2- | - | -1.77 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.94 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→45.38 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 1710 | 2 | 0 | 1712 |
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Biso mean | - | - | 54.69 | - | - |
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残基数 | - | - | - | - | 84 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.008 | 0.011 | 1912 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.009 | 0.02 | 954 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.691 | 1.182 | 2948 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg2.375 | 3 | 2270 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.125 | 0.2 | 252 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.013 | 0.02 | 988 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.005 | 0.02 | 392 | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) | WRfactor Rwork |
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3-3.078 | 0.428 | 27 | 0.392 | 385 | 422 | 97.63 | 0.363 | 3.078-3.162 | 0.333 | 12 | 0.334 | 394 | 412 | 98.544 | 0.303 | 3.162-3.253 | 0.371 | 19 | 0.215 | 374 | 400 | 98.25 | 0.193 | 3.253-3.353 | 0.207 | 22 | 0.237 | 358 | 384 | 98.958 | 0.221 | 3.353-3.462 | 0.258 | 20 | 0.234 | 351 | 374 | 99.198 | 0.22 | 3.462-3.583 | 0.393 | 14 | 0.282 | 356 | 375 | 98.667 | 0.266 | 3.583-3.717 | 0.412 | 18 | 0.277 | 314 | 336 | 98.81 | 0.263 | 3.717-3.868 | 0.373 | 14 | 0.265 | 325 | 341 | 99.413 | 0.248 | 3.868-4.039 | 0.351 | 16 | 0.256 | 305 | 322 | 99.689 | 0.242 | 4.039-4.235 | 0.235 | 18 | 0.223 | 302 | 320 | 100 | 0.213 | 4.235-4.462 | 0.303 | 13 | 0.216 | 280 | 295 | 99.322 | 0.209 | 4.462-4.73 | 0.347 | 13 | 0.238 | 269 | 284 | 99.296 | 0.227 | 4.73-5.053 | 0.231 | 11 | 0.22 | 260 | 273 | 99.267 | 0.218 | 5.053-5.453 | 0.197 | 6 | 0.19 | 235 | 241 | 100 | 0.188 | 5.453-5.967 | 0.322 | 15 | 0.196 | 209 | 224 | 100 | 0.199 | 5.967-6.658 | 0.183 | 12 | 0.28 | 204 | 218 | 99.083 | 0.287 | 6.658-7.665 | 0.237 | 8 | 0.221 | 179 | 188 | 99.468 | 0.224 | 7.665-9.331 | 0.29 | 13 | 0.21 | 147 | 160 | 100 | 0.214 | 9.331-12.963 | 0.28 | 6 | 0.17 | 126 | 133 | 99.248 | 0.207 | 12.963-49.017 | 0.095 | 6 | 0.179 | 71 | 77 | 100 | 0.203 |
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