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- PDB-6gdh: Holliday Junctions formed from Telomeric DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gdh
タイトルHolliday Junctions formed from Telomeric DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
キーワードRECOMBINATION / Holliday junction / Homologous recombination / Telomeres / ALT mechanism / ACC structural motif.
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Parkinson, G.N. / Haider, S. / Li, P. / Khiali, S. / Munnur, D. / Ramanathan, A.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Holliday Junctions Formed from Human Telomeric DNA.
著者: Haider, S. / Li, P. / Khiali, S. / Munnur, D. / Ramanathan, A. / Parkinson, G.N.
履歴
登録2018年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3528
ポリマ－24,3528
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1764
ポリマ－12,1764
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1764
ポリマ－12,1764
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)23.733, 33.161, 83.467
Angle α, β, γ (deg.)99.870, 90.070, 110.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量: 2972.982 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 3115.050 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 % / 解説: Flat plate, hexagonal
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25 mM potassium chloride, 10 mM potassium cacodylate 50mM for magnesium chloride, 20mM for calcium chloride, MPD 32% to 38%
Temp details: fixed

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: AGILENT TITAN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→22.51 Å / Num. obs: 5625 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 19984 / Scaling rejects: 76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.8-2.952.60.4478130.9150.3240.55593.6
8.86-22.513.90.0261690.9990.0160.03188.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACrefmac_5.8.0222精密化
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrysalisPro1.171.36.32データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HS1

3hs1


解像度: 2.85→22.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Matrix type: sparse / SU B: 21.339 / SU ML: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.444
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2729 223 4.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.2298 5155 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.14 Å2 / Biso mean: 42.612 Å2 / Biso min: 10.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-4.46 Å20.83 Å2
2---8.25 Å23.21 Å2
3---11.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→22.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1616 0 0 1616
残基数----80
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0111808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.1712776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.83532160
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02384
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.85-2.9240.507180.45338241895.6940.44
2.924-3.0040.351120.43239141497.3430.415
3.004-3.0910.609170.34732934999.140.339
3.091-3.1860.542110.27934736797.5480.298
3.186-3.290.193140.16836738499.2190.21
3.29-3.4060.318110.21433034399.4170.25
3.406-3.5340.403120.29331032798.4710.283
3.534-3.6780.397180.27832434499.4190.278
3.678-3.8410.324160.26227229298.630.266
3.841-4.0280.1450.241292300990.254
4.028-4.2450.212160.21426027799.6390.22
4.245-4.5020.23750.19324825798.4440.189
4.502-4.8120.154130.21726728199.6440.207
4.812-5.1960.34170.20919621599.070.204
5.196-5.690.229130.220521999.5430.2
5.69-6.3570.19480.16117718798.930.168
6.357-7.3340.17140.16316416999.4080.187
7.334-8.9640.20840.1314214898.6490.178
8.964-12.6020.11380.13710411795.7260.192
12.602-82.0410.43910.173476376.190.247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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