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万見
- PDB-6gbj: Repertoires of functionally diverse enzymes through computational... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gbj
タイトルRepertoires of functionally diverse enzymes through computational design at epistatic active-site positions
要素Parathion hydrolase
キーワードHYDROLASE / Phosphotriesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / TIM Barrel ...Aryldialkylphosphatase, zinc-binding site / Phosphotriesterase family signature 1. / Phosphotriesterase / Phosphotriesterase family / Phosphotriesterase family profile. / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Parathion hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevundimonas diminuta (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Khersonsky, O. / Lipsh, R. / Avizemer, Z. / Goldsmith, M. / Ashani, Y. / Leader, H. / Dym, O. / Rogotner, S. / Trudeau, D. / Tawfik, D.S. / Fleishman, S.J.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Automated Design of Efficient and Functionally Diverse Enzyme Repertoires.
著者: Khersonsky, O. / Lipsh, R. / Avizemer, Z. / Ashani, Y. / Goldsmith, M. / Leader, H. / Dym, O. / Rogotner, S. / Trudeau, D.L. / Prilusky, J. / Amengual-Rigo, P. / Guallar, V. / Tawfik, D.S. / Fleishman, S.J.
履歴
登録2018年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parathion hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,67715
ポリマ－36,7151
非ポリマー96214
水4,089227
1
A: Parathion hydrolase
ヘテロ分子

A: Parathion hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,35430
ポリマ－73,4312
非ポリマー1,92328
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area7980 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area22760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.490, 69.490, 186.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-708-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Parathion hydrolase / Phosphotriesterase / PTE


分子量: 36715.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア)
遺伝子: opd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A434, aryldialkylphosphatase

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非ポリマー , 5種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH=7 1.7M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→38.65 Å / Num. obs: 57720 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 16.55 Å2 / Rsym value: 0.04777 / Net I/σ(I): 13.53
反射 シェル解像度: 1.63→1.688 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / Num. unique obs: 5611 / Rsym value: 0.3708 / % possible all: 98.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HYZ

1hyz


解像度: 1.63→38.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.257 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18127 2889 5 %RANDOM
Rwork0.16258 ---
obs0.16352 54923 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å2-0 Å2
2--0.28 Å2-0 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.63→38.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2546 0 52 227 2825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0152649
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9631.7553584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6511.7195557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3955333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.66816.18697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.27915356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9771527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02481
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4341.5711329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4341.5711330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9292.351663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9312.351664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9021.8851320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8071.8481308
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0352.6631904
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.33420.5722949
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.21820.3422915
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.629→1.671 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 199 -
Rwork0.23 3955 -
obs--98.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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