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万見
- PDB-6gbi: Wnt signalling -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gbi
タイトルWnt signalling
要素Ly6/PLAUR domain-containing protein 6
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Wnt
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor regulator activity / acetylcholine receptor inhibitor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / neuron projection / membrane raft / synapse / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ly6/PLAUR domain-containing protein 6 / Ly6/PLAUR domain-containing protein 6-like / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ly6/PLAUR domain-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Zhao, Y. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M000141/1 英国
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structure of the Wnt signaling enhancer LYPD6 and its interactions with the Wnt coreceptor LRP6.
著者: Zhao, Y. / Ren, J. / Lu, W. / Harlos, K. / Jones, E.Y.
履歴
登録2018年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ly6/PLAUR domain-containing protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3086
ポリマ－11,7101
非ポリマー5985
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area6980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.980, 61.980, 68.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-377-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ly6/PLAUR domain-containing protein 6


分子量: 11710.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYPD6, UNQ3023/PRO9821
発現宿主: Mammalian expression vector pCI-NEO-FLAG-SMNdelta3,4,5,6,7 (その他)
参照: UniProt: Q86Y78
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 Tris-HCl 2M Ammonium Sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 37608 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 1.25→1.28 Å

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位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
SHARP位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.25→45.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.007 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.034
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1646 1877 5 %RANDOM
Rwork0.1621 ---
obs0.1623 35666 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.55 Å2 / Biso mean: 21.854 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→45.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数809 0 36 93 938
Biso mean--34.38 30.54 -
残基数----104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.019871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1641.9881186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04731727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5395105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.31724.3941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4915138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.278156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02167
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.80231607
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.274556
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.61451624
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 134 -
Rwork0.174 2576 -
all-2710 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.1599 Å / Origin y: 52.6364 Å / Origin z: 24.9349 Å
111213212223313233
T0.0019 Å20.0002 Å20.0013 Å2-0.0009 Å2-0.0002 Å2--0.002 Å2
L0.2959 °20.0517 °20.1918 °2-0.1806 °20.01 °2--0.1369 °2
S0.0032 Å °0.0024 Å °0.006 Å °0.0006 Å °-0.0039 Å °0.0008 Å °0.0012 Å °0.0042 Å °0.0007 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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