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- PDB-6gb2: Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gb2
タイトルUnique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM. This file contains the 39S ribosomal subunit.
要素
  • ('Mitochondrial ribosomal protein ...) x 3
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 42
  • 16S ribosomal RNA, mitochondrial
  • CP tRNAPhe, mitochondrial
  • ICT1
  • Mrpl34
  • P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial
  • Ribosomal protein
  • Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
  • Uncharacterized protein
  • mL53, MRPL53
  • mL65, MRPS30
  • unassigned secondary structure elements
キーワードRIBOSOME / translation initiation / initiation factor IF2 / mitochondria / membrane targeting
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / mitochondrial transcription / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / ribonuclease III activity / ribosome disassembly ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial translational initiation / mitochondrial transcription / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / ribonuclease III activity / ribosome disassembly / microprocessor complex / Mitochondrial translation initiation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / regulation of translational initiation / organelle membrane / ribosomal small subunit binding / RNA processing / translation initiation factor activity / rescue of stalled ribosome / double-stranded RNA binding / large ribosomal subunit / cell junction / nuclear body / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / GTPase activity / nucleotide binding / synapse / GTP binding / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / : / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / : ...Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / : / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / : / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Mitochondrial ribosomal protein L37 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / : / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / : / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / : / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / : / Beta-grasp domain superfamily / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / NTF2-like domain superfamily / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / N-FORMYLMETHIONINE / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / N-FORMYLMETHIONINE / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Mitochondrial ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL28m / 39S ribosomal protein L20, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein mL64 / 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL34m / Ribosomal protein / Mitochondrial ribosomal protein L12 / Mitochondrial ribosomal protein L41 / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein mL37 / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Large ribosomal subunit protein mL42 / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL24m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL22m / Mitochondrial ribosomal protein S18A / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL11m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Mitochondrial ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Mitochondrial ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein uL30m / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein mL50 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein bL9m / Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kummer, E. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Ban, N.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
European Molecular Biology OrganizationALTF 1196-2014 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
Swiss National Science Foundation138262 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Unique features of mammalian mitochondrial translation initiation revealed by cryo-EM.
著者: Eva Kummer / Marc Leibundgut / Oliver Rackham / Richard G Lee / Daniel Boehringer / Aleksandra Filipovska / Nenad Ban /
要旨: Mitochondria maintain their own specialized protein synthesis machinery, which in mammals is used exclusively for the synthesis of the membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. The ...Mitochondria maintain their own specialized protein synthesis machinery, which in mammals is used exclusively for the synthesis of the membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. The initiation of protein synthesis in mitochondria differs substantially from bacterial or cytosolic translation systems. Mitochondrial translation initiation lacks initiation factor 1, which is essential in all other translation systems from bacteria to mammals. Furthermore, only one type of methionyl transfer RNA (tRNA) is used for both initiation and elongation, necessitating that the initiation factor specifically recognizes the formylated version of tRNA (fMet-tRNA). Lastly, most mitochondrial mRNAs do not possess 5' leader sequences to promote mRNA binding to the ribosome. There is currently little mechanistic insight into mammalian mitochondrial translation initiation, and it is not clear how mRNA engagement, initiator-tRNA recruitment and start-codon selection occur. Here we determine the cryo-EM structure of the complete translation initiation complex from mammalian mitochondria at 3.2 Å. We describe the function of an additional domain insertion that is present in the mammalian mitochondrial initiation factor 2 (mtIF2). By closing the decoding centre, this insertion stabilizes the binding of leaderless mRNAs and induces conformational changes in the rRNA nucleotides involved in decoding. We identify unique features of mtIF2 that are required for specific recognition of fMet-tRNA and regulation of its GTPase activity. Finally, we observe that the ribosomal tunnel in the initiating ribosome is blocked by insertion of the N-terminal portion of mitochondrial protein mL45, which becomes exposed as the ribosome switches to elongation mode and may have an additional role in targeting of mitochondrial ribosomes to the protein-conducting pore in the inner mitochondrial membrane.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4370
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CL: Mitochondrial ribosomal protein L12
DL: Mitochondrial ribosomal protein L12
EL: Mitochondrial ribosomal protein L12
FL: Mitochondrial ribosomal protein L12
GL: Mitochondrial ribosomal protein L12
HL: Mitochondrial ribosomal protein L12
B0: Mitochondrial ribosomal protein L27
B1: Mitochondrial ribosomal protein L28
B2: Mitochondrial ribosomal protein L47
B3: 'Mitochondrial ribosomal protein L30
B4: 'Mitochondrial ribosomal protein L55
B5: Mitochondrial ribosomal protein L32
B6: Mitochondrial ribosomal protein L33
B7: Mitochondrial ribosomal protein L34
B8: Mitochondrial ribosomal protein L35
B9: Ribosomal protein
BA: 16S ribosomal RNA, mitochondrial
BB: CP tRNAPhe, mitochondrial
BC: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
BD: Mitochondrial ribosomal protein L2
BE: ICT1
BF: Mitochondrial ribosomal protein L4
BI: Mitochondrial ribosomal protein L9
BJ: Mitochondrial ribosomal protein L10
BK: Mitochondrial ribosomal protein L11
BL: Mitochondrial ribosomal protein L12
BN: Mitochondrial ribosomal protein L13
BO: Mitochondrial ribosomal protein L14
BP: Mitochondrial ribosomal protein L15
BQ: Mitochondrial ribosomal protein L16
BR: Mitochondrial ribosomal protein L17
BS: Mitochondrial ribosomal protein L18
BT: Mitochondrial ribosomal protein L19
BU: Mitochondrial ribosomal protein L20
BV: Mitochondrial ribosomal protein L21
BW: Mitochondrial ribosomal protein L22
BX: Mitochondrial ribosomal protein L23
BY: Mitochondrial ribosomal protein L24
Ba: Mitochondrial ribosomal protein L37
Bb: Mitochondrial ribosomal protein L38
Bc: Mitochondrial ribosomal protein L39
Bd: Mitochondrial ribosomal protein L40
Be: Mitochondrial ribosomal protein L41
Bf: Mitochondrial ribosomal protein L42
Bg: Mitochondrial ribosomal protein L43
Bh: Mitochondrial ribosomal protein L44
Bi: Mitochondrial ribosomal protein L45
Bj: Mitochondrial ribosomal protein L46
Bk: Mitochondrial ribosomal protein L48
Bl: Mrpl34
Bm: Mitochondrial ribosomal protein L50
Bn: Mitochondrial ribosomal protein L51
Bo: Mitochondrial ribosomal protein L52
Bp: mL53, MRPL53
Bq: Uncharacterized protein
Bt: Mitochondrial ribosomal protein L57
Bu: Mitochondrial ribosomal protein L58
Bv: 'Mitochondrial ribosomal protein L59
Bw: mL65, MRPS30
Bx: Mitochondrial ribosomal protein S18A
Bz: unassigned secondary structure elements
AV: P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,993,750288
ポリマ－1,986,43362
非ポリマー7,317226
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area387750 Å2
ΔGint-4335 kcal/mol
Surface area580140 Å2
手法PISA

-
要素

+
Mitochondrial ribosomal protein ... , 42種, 48分子 CLDLELFLGLHLBLB0B1B2B5B6B7B8BDBFBIBJBKBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBX...

#1: タンパク質
Mitochondrial ribosomal protein L12


分子量: 21268.975 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A287ARV8
#2: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L27


分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: F1RT79
#3: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L28


分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A286ZTW8
#4: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L47


分子量: 30085.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: F1SGC7
#7: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L32 / bL32m


分子量: 21537.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
#8: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L33


分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A286ZU68
#9: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L34


分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A287A119
#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L35


分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SVC5
#15: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L2


分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRN2
#17: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L4


分子量: 33251.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B9C4, UniProt: F1S3J8*PLUS
#18: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L9


分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: I3LR45
#19: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L10


分子量: 29449.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RWJ0
#20: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L11


分子量: 20809.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RU54
#21: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L13 / uL13m


分子量: 20633.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#22: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L14 / uL14m


分子量: 15955.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
#23: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L15


分子量: 33481.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RSH0
#24: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L16


分子量: 28680.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RI89
#25: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L17


分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RMQ4
#26: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L18


分子量: 20582.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNK1
#27: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L19


分子量: 33441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
#28: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L20


分子量: 17554.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A286ZU56
#29: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L21


分子量: 23154.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: F1RY70
#30: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L22


分子量: 24313.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: F1RQC9
#31: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L23


分子量: 17643.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZZC6
#32: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L24


分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RHJ1
#33: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L37


分子量: 47917.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BIV6
#34: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L38


分子量: 44656.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: F1RW03
#35: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L39


分子量: 38523.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SHP6
#36: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L40


分子量: 24075.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZP98
#37: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L41


分子量: 15073.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AWS0
#38: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L42


分子量: 16680.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A287BQA1
#39: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L43


分子量: 17728.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8U4
#40: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L44


分子量: 37527.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: F1SR64
#41: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L45


分子量: 35331.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM5
#42: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L46


分子量: 32215.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SRT0
#43: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L48


分子量: 23749.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: F1SUS9, UniProt: A0A480J9Z6*PLUS
#45: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L50


分子量: 18351.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: I3L9H6
#46: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L51


分子量: 15249.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A287BE26
#47: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L52


分子量: 13813.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S9B7
#50: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12001.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A287BP93
#51: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L58


分子量: 23545.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A286ZJR2
#54: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18A


分子量: 22273.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRH6

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'Mitochondrial ribosomal protein ... , 3種, 3分子 B3B4Bv

#5: タンパク質 'Mitochondrial ribosomal protein L30


分子量: 18585.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: F1STE5
#6: タンパク質 'Mitochondrial ribosomal protein L55


分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9J0
#52: タンパク質 'Mitochondrial ribosomal protein L59


分子量: 25815.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZXA6

-
タンパク質 , 8種, 8分子 B9BCBEBlBpBqBwBz

#11: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: A0A287A731
#14: タンパク質 Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / IF2(mt)


分子量: 72811.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mitochondrial / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTIF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46199
#16: タンパク質 ICT1 / Mitochondrial ribosomal protein L3


分子量: 38427.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#44: タンパク質 Mrpl34


分子量: 18957.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0R4J8D6
#48: タンパク質 mL53, MRPL53


分子量: 12015.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver
#49: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 15957.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned residues have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: I3LN63
#53: タンパク質 mL65, MRPS30


分子量: 49100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#55: タンパク質 unassigned secondary structure elements


分子量: 5846.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Unassigned secondary structure elements have been built as poly-alanine.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver

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RNA鎖 , 3種, 3分子 BABBAV

#12: RNA鎖 16S ribosomal RNA, mitochondrial


分子量: 504852.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 33320725
#13: RNA鎖 CP tRNAPhe, mitochondrial


分子量: 23402.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 76262549
#56: RNA鎖 P-site fMet-tRNAMet, mitochondrial


分子量: 22664.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1208989970

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非ポリマー , 8種, 228分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#60: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#61: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#63: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#64: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1mammalian mitochondrial translation initiation complexRIBOSOME#1-#560MULTIPLE SOURCES
2mammalian mitochondrial ribosomeRIBOSOME#1-#13, #15-#551NATURAL
3Translation initiation factor IF-2, mitochondrialCOMPLEX#141RECOMBINANT
4tRNACOMPLEX#561RECOMBINANT
分子量値: 2.85 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Sus scrofa (ブタ)9823
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.171 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: contains 55S mitochondrial ribosome, mitochondrial initiation factor 2, mitochondrial formyl-Met-tRNAMet and MT-CO3 mRNA
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 13936
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN1.9粒子像選択
4RELION2.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
8Oモデルフィッティング
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
11RELION2.1初期オイラー角割当
12RELION2.1最終オイラー角割当
14RELION2.1３次元再構成
15PHENIX1.9モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1366787
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75666 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 56.9 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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