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- PDB-6gaf: BACTERIORHODOPSIN, 590 FS STATE, REAL-SPACE REFINED AGAINST 15% E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gaf
タイトルBACTERIORHODOPSIN, 590 FS STATE, REAL-SPACE REFINED AGAINST 15% EXTRAPOLATED STRUCTURE FACTORS
要素Bacteriorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / proton pump / time-resolved crystallography / free-electron laser
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / DECANE / nonane / HEPTANE / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / PENTADECANE / N-OCTANE / RETINAL / TRIDECANE / UNDECANE / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nass Kovacs, G. / Colletier, J.-P. / Gruenbein, M.L. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. ...Nass Kovacs, G. / Colletier, J.-P. / Gruenbein, M.L. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. / Gorel, A. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Koglin, J. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Schlesinger, R. / Seaberg, M. / Shoeman, R.L. / Stricker, M. / Boutet, S. / Haacke, S. / Heberle, J. / Domratcheva, T. / Schlichting, I.
資金援助1件
組織認可番号国
ANR-17-CE11-0018-01
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Three-dimensional view of ultrafast dynamics in photoexcited bacteriorhodopsin.
著者: Nass Kovacs, G. / Colletier, J.P. / Grunbein, M.L. / Yang, Y. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. / Gorel, A. / Hilpert, M. / ...著者: Nass Kovacs, G. / Colletier, J.P. / Grunbein, M.L. / Yang, Y. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. / Gorel, A. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Schlesinger, R. / Seaberg, M. / Shoeman, R.L. / Stricker, M. / Boutet, S. / Haacke, S. / Heberle, J. / Heyne, K. / Domratcheva, T. / Barends, T.R.M. / Schlichting, I.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,79516
ポリマ－26,9301
非ポリマー3,86515
水68538
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,38448
ポリマ－80,7893
非ポリマー11,59545
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.100, 62.100, 110.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-435-

HOH

21A-436-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 26929.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性)
株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945

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非ポリマー , 11種, 53分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C43H88O3
#4: 化合物 ChemComp-TRD / TRIDECANE / LIPID FRAGMENT / トリデカン


分子量: 184.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28
#5: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#6: 化合物 ChemComp-HP6 / HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル


分子量: 100.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16
#7: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#8: 化合物 ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#9: 化合物 ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#10: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#11: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.8 / 詳細: 32% (w/v) PEG 2000, 0.1 M K2HPO4 /NaH2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.26 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.26 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→21 Å / Num. obs: 22397 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 136 % / R split: 0.12 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / R split: 0.841

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3063:精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: NONE
詳細: A MOLECULE IS THE DARK STATE B MOLECULE WAS REAL-SPACE REFINED AGAINST MAP CALCULATED FROM EXTRAPOLATED STRUCTURE FACTORS (AT 15% OCCUPANCY) MODEL/MAP FIT (CCmask)=0.8347
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 --
Rwork0.204 --
obs-22397 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1787 0 227 38 2052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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