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万見
- PDB-6g9v: Crystal structure of Aspergillus fumigatus UDP-N-acetylglucosamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g9v
タイトルCrystal structure of Aspergillus fumigatus UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase(AfUAP1) in complex with UDPGlcNAc, pyrophosphate and Mg2+
要素UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE / cell wall / anti fungal / pyrophosphorylase / Aspergillus fumigatus
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UDP-sugar pyrophosphorylase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Raimi, O.G. / Hurtado-Guerrero, R. / Borodin, V. / Urbaniak, M. / Ferguson, M. / van Aalten, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)M004139 英国
引用ジャーナル: RSC Chem. Biol. / 年: 2020
タイトル: A mechanism-inspired UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase inhibitor
著者: Raimi, O.G. / Hurtado-Guerrero, R. / Borodkin, V. / Ferenbach, A. / Urbaniak, M.D. / Ferguson, M.A.J. / van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
B: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3975
ポリマ－113,5872
非ポリマー8103
水10,070559
1
A: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7941
ポリマ－56,7941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6034
ポリマ－56,7941
非ポリマー8103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.195, 139.839, 144.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase


分子量: 56793.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: AFUA_7G02180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4WAR0, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium formate and 20 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 113044 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Num. unique obs: 11144

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YQS

2yqs


解像度: 1.75→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.499 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2398 1137 1 %RANDOM
Rwork0.20701 ---
obs0.20735 111841 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.261 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7262 0 49 559 7870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0751.97810136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.15927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9124.645338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.606151339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8471541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5451.54619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04227453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51632884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5834.52679
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.745→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 63 -
Rwork0.278 7737 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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