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万見
- PDB-6g9g: Crystal Structure of the TASNSS segment from the R4-R5 loop of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g9g
タイトルCrystal Structure of the TASNSS segment from the R4-R5 loop of the E. coli Biofilm-associated CsgA Curli protein
要素Major curlin subunit
キーワードPROTEIN FIBRIL / Bacterial fibril from E. coli
機能・相同性Curlin associated / Curlin associated repeat / regulation of amyloid fibril formation / single-species biofilm formation / pilus / amyloid fibril formation / cell adhesion / identical protein binding / Major curlin subunit
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
Model detailsCurli
データ登録者Landau, M. / Perov, S.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: Structural Insights into Curli CsgA Cross-beta Fibril Architecture Inspire Repurposing of Anti-amyloid Compounds as Anti-biofilm Agents.
著者: Perov, S. / Lidor, O. / Salinas, N. / Golan, N. / Tayeb-Fligelman, E. / Deshmukh, M. / Willbold, D. / Landau, M.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Major curlin subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5661
ポリマ－5661
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Fibrils are observed by EM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)9.320, 12.550, 21.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Major curlin subunit


分子量: 565.533 Da / 分子数: 1
断片: Amyloid spine segment TASNSS from CsgA (residues 129-134) secreted by E. coli
由来タイプ: 合成 / 詳細: TASNSS from CsgA, synthesized / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28307
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir contained 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 30%(w/v) PEG 4000, and 10 mM of the TAIVVQ peptide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→10.81 Å / Num. obs: 389 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8.686 % / Biso Wilson estimate: 18.334 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.222 / Rrim(I) all: 0.237 / Χ2: 0.904 / Net I/σ(I): 6.07 / Num. measured all: 3379
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.859.2310.552.771300.890.58297.7
1.85-2.278.8840.2516.671120.9750.26799.1
2.27-3.218.4090.2238.24930.9810.2496.9
3.21-10.817.4440.1489540.9930.15996.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.6 Å10.81 Å
Translation1.6 Å10.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→10.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.989 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.988 / SU B: 1.859 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0803 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1351 39 10.1 %RANDOM
Rwork0.1043 ---
obs0.1079 349 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 20.74 Å2 / Biso mean: 8.967 Å2 / Biso min: 7.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→10.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39 0 0 1 40
Biso mean---20.74 -
残基数----6
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0530.0229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.94751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.27255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.562301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg5.767155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.27
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025
LS精密化 シェル解像度: 1.603→1.787 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 11 -
Rwork0.229 96 -
all-107 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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