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万見
- PDB-6g8s: [Ru(TAP)2(11,12-CN2-dppz)]2+ bound to d(CCGGACCCGG/CCGGGTCCGG)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g8s
タイトル[Ru(TAP)2(11,12-CN2-dppz)]2+ bound to d(CCGGACCCGG/CCGGGTCCGG)2
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Ruthenium / intercalation / asymmetric
機能・相同性: / Chem-EQQ / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者McQuaid, K.T. / Hall, J.P. / Cardin, C.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K019279/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M004635/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P021328/1 英国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: X-ray Crystal Structures Show DNA Stacking Advantage of Terminal Nitrile Substitution in Ru-dppz Complexes.
著者: McQuaid, K. / Hall, J.P. / Brazier, J.A. / Cardin, D.J. / Cardin, C.J.
履歴
登録2018年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9636
ポリマ－6,0932
非ポリマー1,8704
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area4480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.247, 47.247, 33.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3061.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3030.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物 ChemComp-EQQ / Ruthenium (bis-(tetraazaphenanthrene)) (11,12-dicyano-dipyridophenazine)


分子量: 797.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H20N14Ru
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystallisation was observed in a number of conditions from the Nucleic Acid Mini-Screen from Hampton Research, where the best diffracting example came from a 8uL drop containing; 125 uM ...詳細: Crystallisation was observed in a number of conditions from the Nucleic Acid Mini-Screen from Hampton Research, where the best diffracting example came from a 8uL drop containing; 125 uM d(CCGGACCCGG/CCGGGTCCGG)2, 750 uM rac-[Ru(TAP)2(11,12-CN2-dppz)]2+, 7.5% v/v MPD, 30 mM pH 7 sodium cacodylate, 9 mM spermine tetrahydrochloride, 60 mM KCl and 15 mM BaCl2; all equilibrated against 1 mL of 35% v/v MPD. Orange/red rods grew following roughly 3 weeks of incubation at 291 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月23日
放射モノクロメーター: Dual Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→27.59 Å / Num. obs: 9018 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.905 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 460 / CC1/2: 0.652 / Rpim(I) all: 0.261 / Rrim(I) all: 0.942 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.66→23.623 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 31.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2034 941 5.42 %
Rwork0.1873 --
obs0.1883 9018 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→23.623 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 112 68 584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005638
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9391002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.173222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6601-1.74760.39341300.39622356X-RAY DIFFRACTION100
1.7476-1.8570.43281180.33892352X-RAY DIFFRACTION100
1.857-2.00030.27221380.29092366X-RAY DIFFRACTION100
2.0003-2.20150.18661280.23072323X-RAY DIFFRACTION100
2.2015-2.51980.26341270.19892374X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-3.17340.24381350.19982337X-RAY DIFFRACTION100
3.1734-23.62580.16391650.14832312X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92370.70910.16050.53150.11150.07680.5678-0.2128-0.12780.3363-0.3987-0.09980.4403-0.2690.01630.45260.0729-0.03510.4765-0.05390.396514.254513.19735.5714
20.27260.4732-0.19350.7806-0.32040.1399-0.23320.217-0.15150.08450.3835-0.0782-0.15790.37840.00020.42140.0946-0.06120.4491-0.05610.371811.779110.849-3.4934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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