PDB-6g86: Structure of Cdc14 bound to SIC1 PxL motif

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g86

タイトル

Structure of Cdc14 bound to SIC1 PxL motif

要素

Protein SIC1
Tyrosine-protein phosphatase CDC14

キーワード

CELL CYCLE / CDC14 / phosphatase / PXL / SIC1

機能・相同性

機能・相同性情報

RENT complex / new mitotic spindle pole body / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring assembly / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / meiotic nuclear division / meiotic spindle disassembly / mitotic spindle pole body / rDNA chromatin condensation / positive regulation of autophagosome assembly / regulation of exit from mitosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Mouilleron, S. / Kataria, M. / Uhlmann, F.

引用

ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: A PxL motif promotes timely cell cycle substrate dephosphorylation by the Cdc14 phosphatase.
著者: Kataria, M. / Mouilleron, S. / Seo, M.H. / Corbi-Verge, C. / Kim, P.M. / Uhlmann, F.

履歴

登録	2018年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / entity Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.2	2018年12月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g86.cif.gz	326.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g86.ent.gz	266.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g86.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g86_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g86_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6g86_validation.xml.gz	36.9 KB	表示
CIF形式データ	6g86_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g86	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g84C 6g85C 1ohcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ycw-d 2wqz-1 3n9u-d 1m2o-2 5xw5-d 2qvs-d 3no6-d 1m2o-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (8) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (9)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (8)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (5)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein phosphatase CDC14

B: Tyrosine-protein phosphatase CDC14

D: Protein SIC1

C: Protein SIC1

ヘテロ分子

91.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.090, 94.321, 127.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質	Tyrosine-protein phosphatase CDC14 分子量: 42975.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CDC14, OAF3, YFR028C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00684, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド	Protein SIC1 / CDK inhibitor p40 分子量: 1670.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38634

-
非ポリマー , 5種, 720分子

#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH6, 18% PEG200, 5% PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.28 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→63.8 Å / Num. obs: 93481 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 42727 / CC_1/2: 0.52 / R_pim(I) all: 0.5 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OHC

1ohc

解像度: 1.74→63.8 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1987	4627	4.97 %
R_work	0.1655	-	-
obs	0.1671	93155	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→63.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5973	0	109	708	6790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6401
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	8699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.091	5757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1127

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7399-1.7597	0.3786	156	0.3354	2830	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7597-1.7804	0.4095	147	0.3184	2896	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7804-1.8021	0.3175	139	0.2944	2918	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8021-1.8249	0.3212	155	0.2807	2932	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8249-1.8489	0.3192	149	0.2725	2890	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8489-1.8742	0.2959	120	0.2609	2925	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8742-1.901	0.2742	128	0.2438	2927	X-RAY DIFFRACTION	99
1.901-1.9294	0.2567	168	0.2292	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9294-1.9595	0.2554	190	0.2212	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9595-1.9917	0.2377	157	0.2038	2918	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9917-2.026	0.2486	163	0.1952	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.026-2.0629	0.2455	157	0.1876	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0629-2.1025	0.2183	145	0.181	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1025-2.1455	0.2126	166	0.1811	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1455-2.1921	0.179	132	0.1738	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1921-2.2431	0.2106	163	0.1643	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2431-2.2992	0.1857	158	0.1591	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2992-2.3614	0.2046	165	0.1579	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3614-2.4309	0.2061	144	0.1571	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4309-2.5093	0.1798	165	0.1513	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5093-2.599	0.2023	163	0.1486	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.599-2.7031	0.1803	165	0.1428	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7031-2.8261	0.1941	147	0.1559	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8261-2.9751	0.1718	149	0.1553	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9751-3.1615	0.2179	156	0.1582	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1615-3.4056	0.2089	172	0.1585	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4056-3.7482	0.1865	153	0.1504	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7482-4.2905	0.1461	142	0.1253	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2905-5.4052	0.1452	164	0.1295	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4052-63.871	0.1716	149	0.1633	3219	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4167	-0.0229	0.0013	0.0898	0.0443	0.1893	0.1832	-0.3119	0.2315	0.1001	-0.0149	0.042	-0.1586	0.3876	0.0697	0.2587	-0.097	0.0021	0.2941	-0.1087	0.2268	37.6518	53.569	55.047
2	0.4906	0.3932	-0.2822	0.3018	-0.0694	0.7137	0.0953	-0.0996	0.0597	0.0551	-0.0919	0.0127	-0.039	0.0659	0.0002	0.1585	-0.0098	-0.0148	0.1613	-0.0125	0.151	30.5526	43.9537	45.9431
3	0.864	0.5605	-0.0529	0.625	-0.1566	0.5752	0.0192	0.0031	0.0009	0.045	-0.0413	0.0722	0.0456	0.0014	0	0.1441	0.0025	0.0042	0.1237	-0.01	0.1559	14.3462	25.5324	35.7615
4	0.2419	-0.0986	-0.0253	0.0674	0.0758	0.3233	0	-0.1273	0.0281	0.0215	0.032	-0.2381	0.246	0.2749	0.0193	0.2298	0.1139	-0.054	0.2944	0.003	0.3838	59.6103	34.988	28.1991
5	0.7226	0.1505	0.093	0.4261	-0.0003	1.0548	0.0191	0.0254	-0.0583	-0.0085	-0.0133	-0.0904	0.08	0.094	-0	0.1405	0.0246	-0.0085	0.1499	-0.0084	0.1794	46.8668	41.1954	22.1714
6	0.1543	0.0616	0.0336	0.2045	-0.1441	0.6301	-0.0373	0.1832	0.1784	-0.1838	-0.0214	-0.0923	-0.139	0.1045	0.0002	0.2707	-0.0304	0.0049	0.2352	0.0671	0.2362	39.3585	62.6068	2.8453
7	0.6125	0.1821	-0.1107	-0.0286	0.117	0.7758	-0.0541	0.0789	0.0814	-0.0399	0.0465	-0.047	-0.1012	-0.1351	0.033	0.1502	0.0087	-0.0373	0.1902	0.0366	0.1311	23.4238	53.1846	11.0228
8	0.0065	-0.0233	-0.0173	0.017	0.002	0.0042	-0.0932	-0.1422	0.0525	-0.0827	-0.2377	0.2232	-0.1849	-0.1964	-0	0.5123	0.049	0.1498	0.3137	-0.0284	0.4603	20.261	56.3895	51.2065
9	-0.0098	-0.0022	-0.0096	0.014	0.0069	0.0045	0.0935	0.2864	-0.222	0.0041	-0.1401	0.0223	0.0556	0.1307	0.0001	0.5444	0.1339	0.0822	0.3331	0.0114	0.4603	51.5671	29.251	13.049

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 153 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 154 through 370 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 7 through 42 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 43 through 163 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 164 through 235 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 236 through 373 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 52 through 61 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 51 through 61 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)