[日本語] English
万見
- PDB-6g75: Crystal structure of the common ancestor of haloalkane dehalogena... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g75
タイトルCrystal structure of the common ancestor of haloalkane dehalogenases and Renilla luciferase (AncHLD-RLuc)
要素Common ancestor of haloalkane dehalogenase and Renilla luciferase (AncHLD-RLuc)
キーワードHYDROLASE / Haloalkane dehalogenase / Renilla luciferase / oxygen-bound
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / OXYGEN MOLECULE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.391 Å
データ登録者Chaloupkova, R. / Waterman, J. / Marek, M. / Damborsky, J.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic16-24223S チェコ
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Light-Emitting Dehalogenases: Reconstruction of Multifunctional Biocatalysts
著者: Chaloupkova, R. / Liskova, V. / Toul, M. / Markova, K. / Sebestova, E. / Hernychova, L. / Marek, M. / Pinto, G.P. / Pluskal, D. / Waterman, J. / Prokop, Z. / Damborsky, J.
履歴
登録2018年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Common ancestor of haloalkane dehalogenase and Renilla luciferase (AncHLD-RLuc)
B: Common ancestor of haloalkane dehalogenase and Renilla luciferase (AncHLD-RLuc)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6288
ポリマ－68,0832
非ポリマー5456
水8,377465
1
A: Common ancestor of haloalkane dehalogenase and Renilla luciferase (AncHLD-RLuc)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3144
ポリマ－34,0421
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Common ancestor of haloalkane dehalogenase and Renilla luciferase (AncHLD-RLuc)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3144
ポリマ－34,0421
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.549, 60.510, 123.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Common ancestor of haloalkane dehalogenase and Renilla luciferase (AncHLD-RLuc)


分子量: 34041.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0 and 10% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→21.76 Å / Num. obs: 122192 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 11.25 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 301152 / Scaling rejects: 32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.39-1.412.50.7271495058910.4310.5630.9241.491.5
7.62-21.762.70.05522098150.9920.0380.0679.195.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2psf

2psf


解像度: 1.391→21.619 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1896 6022 4.93 %
Rwork0.1499 116096 -
obs0.1518 122118 92.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.23 Å2 / Biso mean: 18.6127 Å2 / Biso min: 5.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.391→21.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4800 0 36 465 5301
Biso mean--46.68 32.87 -
残基数----591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055053
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8216871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.5953072
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.391-1.40680.30121800.24993755393591
1.4068-1.42340.3032170.24533775399291
1.4234-1.44070.2762020.22753803400591
1.4407-1.45890.26531960.21613780397693
1.4589-1.47810.24691740.20813849402391
1.4781-1.49840.25111860.19733810399691
1.4984-1.51980.27342130.19153751396491
1.5198-1.54250.23692200.18063764398490
1.5425-1.56660.22692420.16613705394791
1.5666-1.59220.18492240.14593769399390
1.5922-1.61970.22032120.14483779399193
1.6197-1.64910.21162060.1433860406692
1.6491-1.68080.19712110.13963844405593
1.6808-1.71510.18171590.13673880403991
1.7151-1.75240.19921700.12993838400893
1.7524-1.79310.1971950.13153841403691
1.7931-1.8380.17741900.13353806399692
1.838-1.88760.17781960.13283787398391
1.8876-1.94310.17511850.12823871405692
1.9431-2.00580.15881760.13043867404393
2.0058-2.07750.18891970.13653917411493
2.0775-2.16060.17152480.13593885413394
2.1606-2.25880.17881670.13973945411294
2.2588-2.37770.17682160.14173984420095
2.3777-2.52650.18292090.14844012422196
2.5265-2.72120.18241900.15164013420396
2.7212-2.99440.21082200.15924049426996
2.9944-3.42630.1821760.15034011418794
3.4263-4.31110.16452200.13474025424596
4.3111-21.62180.15392250.14834121434696

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る