PDB-6g6q: Crystal structure of the computationally designed Ika4 protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g6q

タイトル

Crystal structure of the computationally designed Ika4 protein

要素

Ika4

キーワード

DE NOVO PROTEIN (De novo) /

Artificial protein / WD40 proteins

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Noguchi, H. / Addy, C. / Simoncini, D. / Van Meervelt, L. / Schiex, T. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.

資金援助

ベルギー,

日本, 2件

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: Computational design of symmetrical eight-bladed beta-propeller proteins.
著者: Noguchi, H. / Addy, C. / Simoncini, D. / Wouters, S. / Mylemans, B. / Van Meervelt, L. / Schiex, T. / Zhang, K.Y.J. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2018年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g6q.cif.gz	359.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g6q.ent.gz	294.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g6mC 6g6nC 6g6oC 6g6pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g6o-3 5nnz-2 6g6o-1 6g6p-d 5nnz-1 7awy-d 6g6o-2 6tjd-d 5naf-3 5naf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ika4

B: Ika4

C: Ika4

D: Ika4

E: Ika4

F: Ika4

G: Ika4

H: Ika4

I: Ika4

J: Ika4

K: Ika4

L: Ika4

209 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ika4

B: Ika4

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ika4

D: Ika4

ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Ika4

F: Ika4

ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Ika4

H: Ika4

ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

I: Ika4

J: Ika4

ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

K: Ika4

L: Ika4

ソフトウェアが定義した集合体
34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.520, 219.190, 264.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ika4 分子量: 17426.537 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.89 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium acetate, 25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.07 Å / Num. obs: 109112 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC_1/2: 0.841 / R_pim(I) all: 0.277 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→49.069 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2287	5330	4.89 %
R_work	0.1921	-	-
obs	0.1939	108904	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.069 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14272	0	0	431	14703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.509	19686
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.284	8360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2353
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5284	0.309	169	0.251	3473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5284-2.5582	0.3194	170	0.2423	3436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5582-2.5894	0.3033	165	0.2322	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6221	0.2704	171	0.2433	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6221-2.6566	0.3264	175	0.2478	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6566-2.693	0.2838	197	0.2298	3407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.693-2.7315	0.3069	186	0.2337	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7315-2.7723	0.2852	166	0.2386	3466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7723-2.8156	0.2927	175	0.2394	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8156-2.8617	0.2786	160	0.2261	3364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8617-2.9111	0.2816	194	0.2267	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9111-2.964	0.2824	168	0.2284	3502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.021	0.2511	190	0.2315	3349	X-RAY DIFFRACTION	100
3.021-3.0827	0.3086	175	0.2426	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0827-3.1497	0.2835	180	0.2271	3473	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.2229	0.2533	164	0.2147	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2229-3.3035	0.2783	161	0.2111	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3035-3.3928	0.2628	170	0.2055	3471	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3928-3.4926	0.2486	210	0.1961	3390	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4926-3.6053	0.2386	178	0.185	3471	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6053-3.7341	0.2185	197	0.1875	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7341-3.8836	0.2004	163	0.1791	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8836-4.0602	0.1858	190	0.1766	3443	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0602-4.2742	0.2006	160	0.1553	3449	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2742-4.5418	0.1786	186	0.1455	3474	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5418-4.8922	0.1687	185	0.1427	3477	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8922-5.384	0.1783	165	0.1572	3506	X-RAY DIFFRACTION	99
5.384-6.1617	0.2046	176	0.1814	3487	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1617-7.7582	0.2135	198	0.1993	3550	X-RAY DIFFRACTION	98
7.7582-49.0785	0.1719	186	0.1772	3695	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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