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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g5j | ||||||
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タイトル | Secreted phospholipase A2 type X in complex with ligand | ||||||
![]() | Group 10 secretory phospholipase A2 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylserine metabolic process / lysophospholipid transport / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / platelet activating factor catabolic process / positive regulation of acrosome reaction / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sandmark, J. / Oster, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Design of Selective sPLA2-X Inhibitor (-)-2-{2-[Carbamoyl-6-(trifluoromethoxy)-1H-indol-1-yl]pyridine-2-yl}propanoic Acid. 著者: Giordanetto, F. / Knerr, L. / Nordberg, P. / Pettersen, D. / Selmi, N. / Beisel, H.G. / de la Motte, H. / Mansson, A. / Dahlstrom, M. / Broddefalk, J. / Saarinen, G. / Klingegard, F. / Hurt- ...著者: Giordanetto, F. / Knerr, L. / Nordberg, P. / Pettersen, D. / Selmi, N. / Beisel, H.G. / de la Motte, H. / Mansson, A. / Dahlstrom, M. / Broddefalk, J. / Saarinen, G. / Klingegard, F. / Hurt-Camejo, E. / Rosengren, B. / Wikstrom, J. / Wagberg, M. / Brengdahl, J. / Rohman, M. / Sandmark, J. / Akerud, T. / Roth, R.G. / Jansen, F. / Ahlqvist, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 18171.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 143分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EM8.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EM8.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-DMS / | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 37-45% PEG400 0.1M bis-Tris pH 5.6-5.9 / PH範囲: 5.6-5.9 / Temp details: RT |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→44.15 Å / Num. all: 71101 / Num. obs: 21588 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 89.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→42.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.975 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.567 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→42.76 Å
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拘束条件 |
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