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万見
- PDB-6g5j: Secreted phospholipase A2 type X in complex with ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g5j
タイトルSecreted phospholipase A2 type X in complex with ligand
要素Group 10 secretory phospholipase A2
キーワードHYDROLASE / SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 TYPE X sPLA2X sPLA2-X phospholipase enzyme inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylserine metabolic process / lysophospholipid transport / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / platelet activating factor catabolic process / positive regulation of acrosome reaction / Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / phospholipase activity ...phosphatidylserine metabolic process / lysophospholipid transport / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / platelet activating factor catabolic process / positive regulation of acrosome reaction / Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / phospholipase activity / Acyl chain remodelling of PI / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / Synthesis of PA / negative regulation of cholesterol efflux / arachidonate metabolic process / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of arachidonate secretion / macrophage activation / low-density lipoprotein particle remodeling / fertilization / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / prostaglandin biosynthetic process / hair follicle morphogenesis / arachidonate secretion / regulation of macrophage activation / erythrocyte maturation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / phospholipid metabolic process / positive regulation of protein metabolic process / acrosomal vesicle / cholesterol homeostasis / cellular response to leukemia inhibitory factor / axon guidance / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phospholipid binding / negative regulation of inflammatory response / defense response to virus / lysosome / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EM8 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Group 10 secretory phospholipase A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sandmark, J. / Oster, L.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Design of Selective sPLA2-X Inhibitor (-)-2-{2-[Carbamoyl-6-(trifluoromethoxy)-1H-indol-1-yl]pyridine-2-yl}propanoic Acid.
著者: Giordanetto, F. / Knerr, L. / Nordberg, P. / Pettersen, D. / Selmi, N. / Beisel, H.G. / de la Motte, H. / Mansson, A. / Dahlstrom, M. / Broddefalk, J. / Saarinen, G. / Klingegard, F. / Hurt- ...著者: Giordanetto, F. / Knerr, L. / Nordberg, P. / Pettersen, D. / Selmi, N. / Beisel, H.G. / de la Motte, H. / Mansson, A. / Dahlstrom, M. / Broddefalk, J. / Saarinen, G. / Klingegard, F. / Hurt-Camejo, E. / Rosengren, B. / Wikstrom, J. / Wagberg, M. / Brengdahl, J. / Rohman, M. / Sandmark, J. / Akerud, T. / Roth, R.G. / Jansen, F. / Ahlqvist, M.
履歴
登録2018年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group 10 secretory phospholipase A2
B: Group 10 secretory phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8269
ポリマ－36,3432
非ポリマー1,4837
水2,450136
1
A: Group 10 secretory phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2086
ポリマ－18,1711
非ポリマー1,0375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Group 10 secretory phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6183
ポリマ－18,1711
非ポリマー4462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.962, 85.501, 103.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Group 10 secretory phospholipase A2 / Group X secretory phospholipase A2 / sPLA2-X / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase 10


分子量: 18171.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O15496, phospholipase A2

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非ポリマー , 5種, 143分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EM8 / (3~{R})-3-[3-[2-aminocarbonyl-6-(trifluoromethyloxy)indol-1-yl]phenyl]butanoic acid


分子量: 406.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17F3N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 37-45% PEG400 0.1M bis-Tris pH 5.6-5.9 / PH範囲: 5.6-5.9 / Temp details: RT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.15 Å / Num. all: 71101 / Num. obs: 21588 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 1.85→42.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.975 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22779 1060 5.1 %RANDOM
Rwork0.19392 ---
obs0.19568 19791 87.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→42.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1880 0 100 136 2116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192111
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2872.0272888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94634123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2715253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.70524.88990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46815316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.874158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0252.183991
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0192.18990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6333.2651239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6333.2691240
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4522.3951120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4512.3961121
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4133.5091646
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.8218.1812534
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.8218.1812534
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 52 -
Rwork0.305 1302 -
obs--78.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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